[发明专利]一种基因内含子进化重构装置及方法

权利要求书

1.一种基因内含子进化重构装置，其特征在于，包括：

同源基因数据获取单元，用于获取同源基因数据；

内含子位点判断单元，用于对获取的同源基因数据进行判断是否有内含子位点数据；

内含子位点标定单元，用于对同源基因数据标定内含子位点；

系统进化树构建单元，用于对带有内含子位点的同源基因数据集构建系统进化树；

内含子进化重构单元，用于对构建的系统进化树根据最大简约法重构内含子进化。

2.如权利要求1所述装置，其特征在于，所述内含子进化重构单元对构建的系统进化树根据最大简约法重构内含子进化为根据进化树叶结点的内含子存在情况确定根结点和中间结点；根结点和中间结点的内含子位点与叶结点的内含子位点一一对应；首先判断根结点各内含子位点的内含子存在情况，然后从根结点向叶结点方向依次判断各中间结点的内含子存在情况；根结点或某中间结点的某内含子位点的内含子存在情况的判断方法如下：若两分支中均有1个或多个叶结点的相应内含子位点存在内含子，则判断此根结点或中间结点在此位点为存在内含子；若两分支中一支有1个或多个叶结点的相应内含子位点存在内含子而另一支的所有叶结点的相应内含子位点均不存在内含子，对于根结点，则判断其在此位点为不存在内含子，对于中间结点，则考察其父母结点的相应内含子位点，父母结点存在则其存在，反之不存在。

3.如权利要求1所述装置，其特征在于，所述内含子进化重构单元对构建的系统进化树根据最大简约法重构内含子进化为从进化树叶结点至根结点的方向判断中间结点和根结点的内含子存在情况；每个中间结点和根结点均由两个子女结点组成，某中间结点的某内含子位点的内含子存在情况的判断方法如下：若其两子女结点相应内含子位点均存在内含子，则判断此中间结点在此位点为存在内含子；若其两子女结点相应内含子位点均不存在内含子，则判断此中间结点在此位点为不存在内含子；若其中一个子女结点相应内含子位点存在内含子而另一个不存在，则考察此中间结点的兄弟结点结点，若兄弟结点相应内含子位点存在内含子，则判断此中间结点在此位点为存在，反之不存在。

4.如权利要求1所述装置，其特征在于，所述同源基因数据获取单元与同源基因库相连接，从同源基因库获得同源基因数据集。

5.如权利要求1所述装置，其特征在于，所述同源基因数据获取单元与基因库相连接，从基因库下载目的基因的基因组序列和蛋白序列，比较基因组序列和蛋白序列得到内含子位点。

6.一种基因内含子进化重构方法，其特征在于，包括获取同源基因数据集，判断是否有内含子位点数据，若无，则先标定内含子位点，得到带有内含子位点的同源基因数据，根据带有内含子位点的同源基因数据集构建系统进化树；对构建的系统进化树根据最大简约法重构内含子进化；所述同源基因数据集为一组或多组已标定内含子位点的同源基因；所述构建系统进化树的方法为邻接法、距离法和似然法中的一任意一种。

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述对构建的系统进化树根据最大简约法重构内含子进化为根据进化树叶结点的内含子存在情况确定根结点和中间结点；根结点和中间结点的内含子位点与叶结点的内含子位点一一对应；首先判断根结点各内含子位点的内含子存在情况，然后从根结点向叶结点方向依次判断各中间结点的内含子存在情况；根结点或某中间结点的某内含子位点的内含子存在情况的判断方法如下：若两分支中均有1个或多个叶结点的相应内含子位点存在内含子，则判断此根结点或中间结点在此位点为存在内含子；若两分支中一支有1个或多个叶结点的相应内含子位点存在内含子而另一支的所有叶结点的相应内含子位点均不存在内含子，对于根结点，则判断其在此位点为不存在内含子，对于中间结点，则考察其父母结点的相应内含子位点，父母结点存在则其存在，反之不存在。