[发明专利]多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。 

背景技术

ABCC2基因局部存在于肝细胞的胆管，对将谷胱甘肽、葡萄糖醛酸、硫酸结合体从胆管输送到胆管的转运体进行编码，并与各种药剂的代谢有关。 

另外，近年，在分析日本人的ABCC2基因的单核苷酸多态性(SNPs)之后，发现了各种各样的基因多态性。另外，已给出了通过对ABCC2基因的与5’末端相距24个碱基的胞嘧啶(C)突变成胸腺嘧啶(T)的C-24T进行测定有可能能够预测药物耐受性的启示(参见Drug Metabolism and Disposition，2002年，Vol.30，No.4，p.363-364)。因此，人们期待正确且短时间、低成本并且简便地测定ABCC2基因的多态性的方法。 

另外，作为与药剂的敏感性相关的突变，例如，除了C-24T突变之外，还已知有MDR1基因的外显子26中的第3435位的胞嘧啶(C)突变成胸腺嘧啶(T)的C3435T突变等多种突变(参见日本专利特许第4454366号公报)。因此，不单单检测ABCC2基因的多态性，而是通过与C-24T突变一起检测其他的与药剂敏感性相关的突变体，有可能能够更高灵敏度地预测药剂耐受性。 

目前，作为测定基因的多态性的方法，已知有下述的方法：使用被设计为扩增含有想要测定的碱基的部分的引物进行PCR，用可以该特定碱基中有无突变来区分是否切断的限制性内切酶进行切断，之后通过电泳检测 有没有被切断(PCR-RFLP法)(参见Genet.Mol.Res.，2010年，第9卷，第1号，p.34-40)。 

另外，还已知有下述的方法：在用PCR法扩增含有突变的区域之后，使用用荧光染料标记了的核酸探针进行熔解曲线分析，并基于熔解曲线分析的结果来分析碱基序列的突变(参见特开2002-119291号公报)。 

发明内容

发明要解決的问题 

但是，ABCC2基因的突变中如上述那样存在各种突变。因此，在PCR-RFLP法中，需要在PCR反应之后提取扩增产物来进行限制性内切酶处理。因此，扩增产物有可能混入下一反应体系中，由此有时会获得假阳性、假阴性的结果。另外，由于在PCR结束之后用限制性内切酶进行处理，之后进行电泳，因此有时到检测为止所需的时间非常长。而且，由于操作复杂，因此难以自动化。 

根据这些现状，期待进一步开发用于检测ABCC2基因多态性的技术。 

本发明要解决的问题在于提供一种能够高灵敏度、简便地检测ABCC2基因多态性的多态性检测用探针、使用该探针的多态性检测方法。另外，本发明要解决的问题在于提供使用了该多态性检测方法的药效判定方法。而且本发明要解决的问题在于提供使用了该多态性检测用探针的多态性检测用试剂盒。 

用于解决课题的手段 

本发明如下所述。 

<1>一种多态性检测用探针，其为从包括下述P1和P1’的组中选择的一种荧光标记寡核苷酸，用于检测ABCC2基因的多态性， 

(P1)荧光标记寡核苷酸，其为含有序列编号1所示的序列中的第207位～第217位的碱基的碱基长为11～60的序列，该序列除了与序列编号1中的第217位的碱基对应的碱基为胞嘧啶之外相对于具有与序列编号1相同的碱基的碱基序列具有至少80％以上的同一性，并且与序列编号1 所示的序列中的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记；以及 

(P1’)荧光标记寡核苷酸，其为含有序列编号1所示的序列中的第207位～第217位的碱基的碱基长为11～60的序列，该序列除了与序列编号1中的第217位的碱基对应的碱基为胞嘧啶之外与具有和序列编号1相同的碱基的碱基序列的互补链在严谨条件下杂交，并且与序列编号1所示的序列中的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记。 

<2>根据<1>所述的多态性检测用探针，其中，所述多态性检测用探针是下述P1或下述P1’的所述荧光标记核苷酸， 

(P1-1)荧光标记寡核苷酸，其为含有序列编号1所示的序列中的第207位～第217位的碱基的碱基长为11～60的序列，该序列除了与序列编号1的第217位的碱基对应的碱基为胞嘧啶之外相对于具有与序列编号1相同的碱基的碱基序列具有至少80％以上的同一性，并且与序列编号1所示的序列中的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记，并且该荧光标记寡核苷酸识别序列编号1的第207位的碱基的多态性；或者