[发明专利]一种预测前列腺癌易感性的方法和检测试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种预测前列腺癌易感性的方法和检测试剂盒，更具体的说是通过测定与前列腺癌相关基因RFX6的内含子上rs9400968位点多态性预测受试者对于前列腺癌的易感性，该方法可用于疾病的辅助诊断和新药开发，属于生物技术领域。

背景技术

前列腺癌(prostate cancer，PCa)是发生在男性生殖系统中最常见的恶性肿瘤。美国在对1975-2006癌症发病率进行统计后，估算2010年PCa新发病例为217,730例，位居男性好发肿瘤中第一位，PCa的死亡人数估计为32,050，在男性肿瘤死亡率中位居第二。年龄是PCa的一个重要风险因素，年龄45岁以下的基本很少发病，随年龄的增长而增加。美国癌症协会统计，40岁以下的男性PCa发病率为1/8499，40-59岁男性中为1/38，60-69岁男性中为1/15，70岁以上男性中则为1/8。随着我们国家人口老龄化，PCa的发病率在我国正逐年上升，上海标化发病率从1973～1975年的1.8/10万上升至1997～1999年的5.5/10万，贵州省南部地区部分县市PCa的发病率已从1994～1998年的1.72/10万上升到2004～2008年的4.28/10万，成为威胁我国男性健康的公共问题。

目前进行PCa遗传病因研究，多采用大规模全基因组关联研究(Genome-WideAssociation Studies，GWAS)和小样本多人群中的验证，并且GWAS鉴定的多个PCa易感SNPs已在多个不同人群中被复制确定，证明了SNPs作为基因组标志的关联分析方法在PCa遗传研究中的有效性。SNPs是指染色体基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性，在人群中的频率需＞1％，SNPs是双等位基因标记，这种单碱基变化中有70.1％为同型碱基之间的转换：如G/A或T/C，29.1％为发生在嘌呤和嘧啶之间的颠换。SNPs包含了已知多态性的80-90％，是最常见的遗传变异。

由于生存的选择压力导致SNP在单一基因和整个基因组中的分布呈不均匀性。SNPs在基因非编码区的数量是编码区的4倍，总数可达3百万个。SNPs以其密度高(平均每1kb就有1个)、代表性强(位于基因内部的SNPs可能直接影响蛋白质结构或表达水平)、遗传稳定性好(同微卫星多态性比较而言)、易于自动化分析(因SNPs在人群中为双等位基因标记，可简单以“+/-或1/0”直接分型)等特点成为很好的遗传标志。

Rfx6(调节因子X6)——属于转录因子RFX(regulatory factor X-box binding)家族。位于chr15(54166958-54222377)，19个外显子，编码蛋白长度1281，一个亚型，有B、C和D三个结构域，主要在胰腺表达，与其他同家族RFX比表达水平较低，在胰腺的发展和功能的调节中是关键的转录调节物。RFX6与RFX2和RFX3直接作用，而后二者在胰腺表达并发挥作用。

在胰腺中，Rfx6位于促内分泌因子Neurog3下游，其他多种胰岛转录因子的上游，在胰岛细胞分化中发挥作用。这两种基因的突变表现出相似而不同的表型。人类RFX6突变，会引起难治性腹泻和糖尿病，肠闭锁和胆道畸形，新生儿糖尿病。对Rfx6的充分理解有助于阐明胰岛及β细胞的形成、糖尿病的发病过程。

DNA-binding蛋白RFX6在新生血色沉着病的病理中发挥重要作用，血色沉着病HFE基因与前列腺癌的相关性突出了血色沉着病的病理学与前列腺癌的交互作用。

GPRC6A和RFX6基因附近位点，缩窄到基因RFX6区域的SNPs与前列腺癌显著相关，比最初的GWAS中与前列腺癌的相关位点GPRC6A/RFX6，RFX6基因变异可能是更优先的敏感位点。

2010年，Takata R等鉴定了位于RFX6基因上的rs339331和PCa风险关联，此后，此位点在欧洲人群和中国人群中复制验证。

rs339331位于RFX6基因第4内含子，用59个tag SNPs覆盖580kb区域(Chr.6：117.0-117.6Mb)作图分析其位于一个约200kb的关联区段，此区域涵盖有两个基因：GPRC6A，RFX6结合以上对RFX6功能的分析，我们推测RFX6基因为PCa易感基因并且选择了位于其的rs9400968，在273个PCa患者和606个对照人群中分型后进行关联分析，结果确定了rs9400968与中国人群PCa关联。