[发明专利]用于治疗和诊断结直肠癌的方法和组合物

说明书

本申请要求2011年8月31日提交的美国临时申请61/529,525的优先权，该临时申请的整个内容据此以引用方式并入。

技术领域

技术领域涉及癌症以及癌症的诊断和治疗。

发明背景

癌症的早期检测可影响治疗结果和疾病进展。通常，癌症检测依赖于得自活组织检查、x光、CAT扫描、NMR等的诊断信息。这些程序可能是侵入性、耗时而又昂贵的。此外，它们就灵敏性和特异性而言存在局限。在癌症诊断领域存在对高特异性、高灵敏性、快速、低成本和相对非侵入性的癌症诊断方法的需要。在下文所述的本发明的各种实施方案满足此需要以及在癌症诊断和治疗领域存在的其他需要。

发明概要

本公开的实施方案提供例如结直肠癌的癌症的诊断、预后和治疗方法。其他实施方案提供与诸如结直肠癌的癌症的诊断、预后和治疗相关的组合物。

在某些实施方案中，本发明提供检测受试者中的结直肠癌的方法，其包括：a)从受试者获得样品；b)将得自受试者的样品与检测由结直肠癌细胞表达的一种或多种标记物的一种或多种试剂接触；c)将非癌性细胞与得自b)的所述一种或多种试剂接触；以及d)将得自受试者的样品中的标记物表达水平与非癌性细胞中的表达水平进行比较，其中与非癌性细胞相比样品中标记物的表达水平更高表明受试者患有结直肠癌。

在某些实施方案中，本发明提供检测受试者中的结直肠癌的方法，其包括：a)从受试者获得样品；b)将得自受试者的样品与检测表1中所列标记物中的至少一种的表达的一种或多种试剂接触；c)将非癌性细胞与得自b)的所述一种或多种试剂接触；以及d)将得自受试者的样品中表1所列标记物中的一种或多种的表达水平与非癌性细胞中表1所列标记物中的一种或多种的表达水平进行比较，其中与非癌性细胞相比得自受试者的样品中表1所列标记物中的一种或多种的表达水平更高表明受试者患有结直肠癌。

在一些实施方案中，本发明提供检测受试者中的结直肠癌的方法，其包括：a)从受试者中获得样品；b)将得自受试者的样品与检测由选自以下的基因编码的标记物中的一种或多种的表达的一种或多种试剂接触：人丝氨酸蛋白酶抑制剂Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型转座酶域1(L1TD1)、人溶质运载蛋白家族35成员D3(SLC35D3)、人淋巴细胞抗原6复合物基因座G6D(LY6G6D)、人基质金属肽酶12(巨噬细胞弹性蛋白酶)(MMP12)、人基质金属肽酶12(巨噬细胞弹性蛋白酶)(MMP12)、人载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基质金属肽酶11(溶基质素3)(MMP11)、人环指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923 5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相关细胞粘附分子5(CEACAM5)、人无刚毛鳞甲复合体同源物2(果蝇属)(ASCL2)、人绒毛蛋白1(VIL1)、人裸角质膜同源物1(果蝇属)(NKD1)、预测的：人假想LOC729669(LOC729669)、细胞表面关联的人粘蛋白17(MUC17)、人背板胶质乙酰酯酶同源物(果蝇属)(NOTUM)、人胶原XI型α1(COL11A1)、人潘氏细胞特异性防御素α5(DEFA5)、人背板胶质乙酰酯酶同源物(果蝇属)(NOTUM)、人磷脂酶抑制剂(LOC646627)、人NADPH氧化酶组织者1(NOXO1)、人脂质运载蛋白15(LCN15)、人趋化因子(C-C基序)配体24(CCL24)、人胃泌素释放肽(GRP)、人妊娠特异性β1糖蛋白1(PSG1)、人封闭蛋白2(CLDN2)、人潘氏细胞特异性防御素α6(DEFA6)、人神经肽S受体1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(组蛋白脱乙酰酶诱导)(KRT23)、人基质金属肽酶7(基质溶解素，子宫)(MMP7)、人跨膜结构域4亚家族A成员12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其补体；c)将非癌性细胞与得自b)的所述一种或多种试剂接触；以及d)比较非癌性细胞中由选自以下的基因编码的标记物中的一种或多种的表达水平：人丝氨酸蛋白酶抑制剂Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型转座酶域1(L1TD1)、人溶质运载蛋白家族35成员D3(SLC35D3)、人淋巴细胞抗原6复合物基因座G6D(LY6G6D)、人基质金属肽酶12(巨噬细胞弹性蛋白酶)(MMP12)、人基质金属肽酶12(巨噬细胞弹性蛋白酶)(MMP12)、人载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基质金属肽酶11(溶基质素3)(MMP11)、人环指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923 5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相关细胞粘附分子5(CEACAM5)、人无刚毛鳞甲复合体同源物2(果蝇属)(ASCL2)、人绒毛蛋白1(VIL1)、人裸角质膜同源物1(果蝇属)(NKD1)、预测的：人假想LOC729669(LOC729669)、细胞表面关联的人粘蛋白17(MUC17)、人背板胶质乙酰酯酶同源物(果蝇属)(NOTUM)、人胶原XI型α1(COL11A1)、人潘氏细胞特异性防御素α5(DEFA5)、人背板胶质乙酰酯酶同源物(果蝇属)(NOTUM)、人磷脂酶抑制剂(LOC646627)、人NADPH氧化酶组织者1(NOXO1)、人脂质运载蛋白15(LCN15)、人趋化因子(C-C基序)配体24(CCL24)、人胃泌素释放肽(GRP)、人妊娠特异性β1糖蛋白1(PSG1)、人封闭蛋白2(CLDN2)、人潘氏细胞特异性防御素α6(DEFA6)、人神经肽S受体1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(组蛋白脱乙酰酶诱导的)(KRT23)、人基质金属肽酶7(基质溶解素，子宫)(MMP7)、人跨膜结构域4亚家族A成员12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其补体，其中与非癌性细胞相比在得自受试者的样品中由选自以下的基因编码的标记物中的一种或多种的表达水平更高表明受试者患有结直肠癌：人丝氨酸蛋白酶抑制剂Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型转座酶域1(L1TD1)、人溶质运载蛋白家族35成员D3(SLC35D3)、人淋巴细胞抗原6复合物基因座G6D(LY6G6D)、人基质金属肽酶12(巨噬细胞弹性蛋白酶)(MMP12)、人基质金属肽酶12(巨噬细胞弹性蛋白酶)(MMP12)、人载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基质金属肽酶11(溶基质素3)(MMP11)、人环指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923 5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相关细胞粘附分子5(CEACAM5)、人无刚毛鳞甲复合体同源物2(果蝇属)(ASCL2)、人绒毛蛋白1(VIL1)、人裸角质膜同源物1(果蝇属)(NKD1)、预测的：人假想LOC729669(LOC729669)、细胞表面关联的人粘蛋白17(MUC17)、人背板胶质乙酰酯酶同源物(果蝇属)(NOTUM)、人胶原XI型α1(COL11A1)、人潘氏细胞特异性防御素α5(DEFA5)、人背板胶质乙酰酯酶同源物(果蝇属)(NOTUM)、人磷脂酶抑制剂(LOC646627)、人NADPH氧化酶组织者1(NOXO1)、人脂质运载蛋白15(LCN15)、人趋化因子(C-C基序)配体24(CCL24)、人胃泌素释放肽(GRP)、人妊娠特异性β1糖蛋白1(PSG1)、人封闭蛋白2(CLDN2)、人潘氏细胞特异性防御素α6(DEFA6)、人神经肽S受体1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(组蛋白脱乙酰酶诱导)(KRT23)、人基质金属肽酶7(基质溶解素，子宫)(MMP7)、人跨膜结构域4亚家族A成员12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其补体。