[发明专利]开发用于评估法医样品中DNA降解和质量的高灵敏度定量系统

权利要求书

1.对样品中人DNA进行定量从而评价其中DNA降解程度的方法，所述方法包括以下步骤：

提供待分析的样品；

使用实时聚合酶链反应系统对样品中第一反转录转座子散布元件和第二反转录转座子散布元件分别进行定量，所述第一反转录转座子散布元件为Alu元件，所述第二反转录转座子散布元件为RP基因的SVA元件；和

计算样品中所述第一反转录转座子散布元件的出现率与所述第二反转录转座子散布元件的出现率的比率。

2.如权利要求1所述的方法，同时进行所述第一反转录转座子散布元件和所述第二反转录转座子散布元件的定量。

3.如权利要求2所述的方法，还包括使用所述比率来确定所述样品中DNA的降解程度的步骤。

4.如权利要求1所述的方法，所述第二反转录转座子散布元件包含的碱基对是所述第一反转录转座子散布元件包含的碱基对的至少三倍。

5.如权利要求2所述的方法，还包括以下步骤：

提供第一探针，其包含能够在第一诊断波长处发荧光的第一部分和能够淬灭第一部分荧光的第一淬灭剂，所述第一探针靶向于第一反转录转座子散布元件；

提供第二探针，其包含能够在第二诊断波长处发荧光的第二部分和能够淬灭第二部分荧光的第二淬灭剂，所述第二探针靶向于第二反转录转座子散布元件；

提供在实时聚合酶链反应系统中有用的至少一种引物，所述系统能够扩增DNA样品；

提供Taq聚合酶，其能够催化形成与样品中存在的核酸序列互补的核酸序列，所述聚合酶能够切割第一探针从而使第一荧光部分与第一淬灭剂分离并且能够切割第二探针从而使第二荧光部分与第二淬灭剂分离；

用所述第一探针和第二探针处理样品；

使用所述至少一种引物和Taq聚合酶借助于实时聚合酶链反应系统扩增样品，所述实时聚合酶链反应系统包括多个聚合酶链反应循环；

使用能够在所述第一部分和所述第二部分诱导荧光的激发源在每一实时聚合酶链反应循环期间照射样品；

在每一实时聚合酶链反应循环中测量从第一部分发出的荧光和从第二部分发出的荧光；

确定第一反转录转座子散布元件和第二反转录转座子散布元件的阈值循环数；以及

将所确定的阈值循环数与第一反转录转座子散布元件和第二反转录转座子散布元件各自的标准曲线比较，从而确定样品中第一反转录转座子散布元件和第二反转录转座子散布元件各自的浓度。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述提供至少一种引物的步骤包括：

提供选自以下的至少一种引物：标为SEQ ID NO:5的正向引物和标为SEQ ID NO:6的反向引物；以及

提供选自以下的至少一种引物：标为SEQ ID NO:8的正向引物，标为SEQ ID NO:11的正向引物，标为SEQ ID NO:14的正向引物，标为SEQ ID NO:9的反向引物，标为SEQ ID NO:12的反向引物，标为SEQ ID NO:13的反向引物和标为SEQ ID NO:15的反向引物：

5’GGAAGCGGAGCTTGCAGTGA 3’(SEQ ID NO:5)

5’AGACGGAGTCTCGCTCTGTCGC 3’(SEQ ID NO:6)

5’TGGGATCCTGTTGATCTGTGACCT 3’(SEQ ID NO:8)

5’GATTTGGCAGGGTCATGGGACAAT 3’(SEQ ID NO:9)

5’ATGTGCTGTGTCCACTCAGGGTTA 3’(SEQ ID NO:11)

5’TTCTTGGGTGTTTCTCACAGAGGG 3’(SEQ ID NO:12)

5’ATTCTTGGGTGTTTCTCACAGAGG 3’(SEQ ID NO:13)

5’CCAACCCTGTGCTCTCTGAAAC 3’(SEQ ID NO:14)

5’TTTGGCAGGGTCATGGGACAA 3’(SEQ ID NO:15)。