[发明专利]全基因组Alu元件检测技术

权利要求书

1.一种利用半巢式PCR特异性地捕获Alu子家族序列的方法，所述方法包括： 利用第一至第四引物进行半巢式PCR扩增，其中第一轮PCR的引物是第一引物和 第二引物，第二轮PCR的引物是第三引物和第四引物，所述第一至第四引物是，

(1)第一引物，针对Alu共有序列的5’端基因组序列进行设计，其中所述 共有序列在15bp以上，并且具有一定的碱基复杂度和40％-60％的GC含量；

(2)第二引物，能退火结合到Alu共有序列的3’端基因组序列的随机碱基 引物，该引物5’端含有测序平台的引物序列，而3’端含有5个锚定碱基并且紧 邻着5-6个随机碱基；

(3)第三引物，所述引物的3’端能退火到Alu共有序列上，并且靠近Alu 共有序列的3’端序列，所述引物的5’端包含测序平台的引物序列；

(4)第四引物，测序平台公用引物，所述引物连接有测序平台的接头序列。

2.如权利要求1所述的方法，所述测序平台为高通量测序平台。

3.如权利要求2所述的方法，所述高通量测序平台选自Illumina HiSeq2000、HiSeq2500、MiSeq、MiSeqDx、NextSeq500、HiseqXten、LifeSOLiD、 IonTorrentPGM、Proton、Roche454和单分子测序平台中的至少一种。

4.如权利要求1-3所述的任一种方法，所述第一引物是SEQIDNO.1，或与 其有80％以上，优选90％以上，更优选95％以上的序列同一性的序列。

5.如权利要求1-4所述的任一种方法，所述第二引物选自SEQIDNO.2-9， 或与其有80％以上，优选90％以上，更优选95％以上的序列同一性的序列。

6.如权利要求1-5所述的任一种方法，所述第三引物是SEQIDNO.10，或 与其有80％以上，优选90％以上，更优选95％以上的序列同一性的序列。

7.如权利要求1-6所述的任一种方法，所述第四引物是SEQIDNO.11，或 与其有80％以上，优选90％以上，更优选95％以上的序列同一性的序列。

8.用于特异性地捕获Alu子家族序列的半巢式PCR引物，所述引物包括：

(1)第一引物，针对Alu共有序列的5’端基因组序列进行设计，其中所述 共有序列优选在15bp以上，并且优选具有一定的碱基复杂度和40％-60％的GC含 量；

(2)第二引物，能退火结合到Alu共有序列的3’端基因组序列的随机碱基 引物，优选该引物5’端含有测序平台的引物序列，而3’端含有5个锚定碱基并 且紧邻着5-6个随机碱基；

(3)第三引物，所述引物的3’端能退火到Alu共有序列上，并且靠近Alu 共有序列的3’端序列，所述引物的5’端包含测序平台的引物序列；

(4)第四引物，测序平台公用引物，所述引物连接有测序平台的接头序列；

所述第一引物优选是SEQIDNO.1，或与其有80％以上，优选90％以上，更优 选95％以上的序列同一性的序列；

所述第二引物优选选自SEQIDNO.2-9，或与其有80％以上，优选90％以上， 更优选95％以上的序列同一性的序列；

所述第三引物优选是SEQIDNO.10，或与其有80％以上，优选90％以上，更 优选95％以上的序列同一性的序列。

所述第四引物优选是SEQIDNO.11，或与其有80％以上，优选90％以上，更 优选95％以上的序列同一性的序列。

9.如权利要求8所述的半巢式PCR引物，所述测序平台为高通量测序平台。

10.如权利要求9所述的半巢式PCR引物，所述高通量测序平台选自 IlluminaHiSeq2000、HiSeq2500、MiSeq、MiSeqDx、NextSeq500、HiseqXten、 LifeSOLiD、IonTorrentPGM、Proton、Roche454和单分子测序平台中的至 少一种。