[发明专利]一种Xp11.2的新易位伴侣FUBP1及其检测引物和应用

说明书

技术领域

本发明属于医学检验领域，涉及一种Xp11.2的新易位伴侣FUBP1及其检测引物和应用。

背景技术

2004年WHO对1997年肾细胞癌病理组织学分类进行了修改，新增了Xp11.2易位/TFE3基因融合相关性肾癌(Xp11.2易位性肾癌)。TFE3基因位于XP11.2，是Xp11.2易位性肾癌的唯一驱动基因，其致病机理清晰明确：这类肿瘤均涉及位于Xp11.2的TFE3基因同其它染色体易位及其所致形成融合基因，通过启动子变换从而高表达TFE3融合蛋白，而TFE3作为一个转录因子，通过与特异的DNA结构相结合，转录调控体内多种基因表达最终致病。目前至少有10种不同的易位伴侣和融合基因被报道，包括ASPL-TFE3、PRCC-TFE3、SFPQ-TFE3、NONO-TFE3、CLTC-TFE3、LUC7L3-TFE3、KHSRP-TFE3、PARP14-TFE3、DVL2-TFE3和RBM10-TFE3等，每例肿瘤内仅存在单一的易位形式。除肾细胞癌外，一些软组织间叶肿瘤同样存在TFE3基因致病性的基因易位，包括腺泡状软组织肉瘤、部分上皮样血管周细胞肿瘤等，这些间叶肿瘤和Xp11.2易位性肾癌一起统称为Xp11.2易位性肿瘤。

Xp11.2易位性肿瘤是一罕见类型肿瘤，虽然其总体发病率很低，但在儿童肾癌患者中约1/3为此类肾癌，并且回顾性研究表明此类肿瘤在我国并不罕见。该疾病以发病年龄轻为突出特征，因此造成极其沉重的家庭及社会负担。且研究已证实，Xp11.2易位性肾癌预后要比非Xp11.2易位性肾癌预后差，并且不同基因类型Xp11.2易位性肾癌的预后有所区别。此外，有明确证据表明Xp11.2易位性肿瘤的患者对血管内皮生长因子受体(vascular endothelial growth factor receptor，VEGFR)或哺乳动物雷帕霉素(mammalian target of rapamycin，mTOR)分子靶向治疗敏感。另有研究表明，MET酪氨酸激酶为ASPL-TFE3融合基因的靶基因，并有望成为Xp11.2易位性肿瘤的治疗靶点。因此，根据基因型来精确诊断此类肿瘤显得十分重要。

目前常用的诊断Xp11.2易位性肿瘤的检测方法主要包括免疫组织化学和荧光原位杂交。免疫组织化学检测细胞核TFE3融合蛋白直观、快捷、价格低，但其缺点是该方法容易受到多种因素影响，如组织固定时间、组织修复方式、抗体克隆号以及人为的判读因素等等，使得结果可能出现假阳性或假阴性。染色体荧光原位杂交(FISH)始于传统的细胞遗传学和DNA技术的结合，快速灵敏、特异性好，可以检测隐匿或微小的染色体畸变以及复杂核型；还可以使用多种荧光标记，显示DNA片段及基因之间的相对位置与方向，空间定位精确。但这两种检测方法只能提示存在TFE3蛋白的高表达或TFE3基因的易位，均不能明确肿瘤中发生的具体易位改变。精确检测Xp11.2易位性肿瘤的易位伴侣和融合基因位点，不仅是患者预后预测的依据，也是未来靶向治疗的指导，因此，明确Xp11.2易位性肿瘤的基因易位位点，具有重要的临床意义。

Xp11.2易位性肿瘤是一种每个个体间异质性较大的肿瘤类型，目前已知的融合基因形式就包括ASPL-TFE3、PRCC-TFE3、SFPQ-TFE3、NONO-TFE3、CLTC-TFE3、LUC7L3-TFE3、KHSRP-TFE3、PARP14-TFE3、DVL2-TFE3和RBM10-TFE3等十余种。

目前高通量测序是唯一可以明确未知易位位点的检测手段，然而高通量测序费用高昂，检测周期长，检测平台稀缺，对样品质量要求高，不利于普及推广，对于大多数患者来说也不是首选检测手段。依赖以往经验，针对已知的融合位点设计特异性的PCR引物组合，对肿瘤组织中提取出的RNA逆转录之后进行PCR扩增并测序，检测融合基因具体易位位点，是最准确、便捷、经济的方法。因此，发现新的致病融合位点，进而设计PCR引物将有利于Xp11.2易位性肿瘤检测准确度的进一步提高。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术的上述不足，提供一种Xp11.2的新易位伴侣。

本发明的另一目的是提供该新易位伴侣的检测引物。

本发明的又一目的是提供引物的应用。

本发明的目的可通过以下技术方案实现：