[发明专利]一种染色体变异的检测方法及装置

权利要求书

1.一种非诊断治疗目的的染色体变异的检测方法，其特征在于，包括：

(1)对含有核酸的待测样本进行测序，获得由若干测序数据构成的测序结果；

(2)使用正常数据集对所述测序结果进行校正；

(3)对校正后的测序结果进行分割，获得若干数据片段；以及

(4)检测所述若干数据片段是否为拷贝数变异片段；

使用若干正常样本的测序数据建立所述正常数据集；

所述使用若干正常样本的测序数据建立正常数据集包括：

(0-1)将参考基因组连续划分成若干第一窗口，并确定各第一窗口的比对能力值；

(0-2)将参考基因组连续划分成若干第二窗口，确定各正常样本内GC含量与第二窗口深度的相关性，对于每一个所述第二窗口，利用所述第二窗口的GC含量对所述第二窗口的深度进行样本内样本间的校正；

(0-3)将参考基因组连续划分成若干第三窗口，根据各正常样本间相同位置的第三窗口的平均深度值对各第三窗口的深度进行群体区域的校正；以及

(0-4)将参考基因组连续划分成若干第四窗口，根据各所述第四窗口的深度建立一矩阵，根据所述矩阵对各第四窗口的深度进行校正。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待测样本为外周血。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述外周血为来自于孕妇的外周血。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序为高通量测序。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述核酸为DNA。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述拷贝数变异为微缺失、微重复或其组合。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(0-1)包括：

(0-1-1)将参考基因组打断成若干相同长度的读段，再将所述读段比对回所述参考基因组；

(0-1-2)将所述参考基因组连续划分成若干所述第一窗口，其中所述第一窗口的长度大于所述读段的长度；

(0-1-3)统计位于各第一窗口中的读段的数量，并将读段的数量小于一预定数量的第一窗口删除；和/或，计算各第一窗口中的重复区域比例，并将重复区域比例大于一预定比例的第一窗口删除；以及

(0-1-4)对于参考基因组中各未被删除的第一窗口，计算所述未被删除的第一窗口的平均读段数量，并将平均读段数量分别除以各未被删除的第一窗口的读段数量，以分别获得各未被删除的第一窗口的比对能力值。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，步骤(0-2)包括：

(0-2-1)将所述各正常样本的测序数据比对到所述参考基因组中，并对各正常样本的读段进行比对能力值的校正；

(0-2-2)将所述参考基因组连续划分成若干所述第二窗口，对于每个正常样本，统计其各第二窗口的深度以及GC含量，获得每个正常样本内的GC含量与窗口深度的相关性；并对每个所述第二窗口，根据所述相关性与所述第二窗口的GC含量，利用回归模型，对所述第二窗口的深度进行样本内的校正；以及

(0-2-3)对于进行样本内校正后的所有正常样本，统计所有正常样本的第二窗口的GC含量及深度，获得所有正常样本的整体的GC含量与窗口深度的相关性；并对每个所述第二窗口，根据所述相关性与所述第二窗口的GC含量，利用回归模型，对所述第二窗口的深度进行样本间的校正。

9.如权利要求8所述的方法，其特征在于，步骤(0-2-2)所述回归模型为LOESS回归模型。