[发明专利]一种用于药用牡丹和油用牡丹种质鉴定的方法在审
申请号: | 201810562206.1 | 申请日: | 2018-06-04 |
公开(公告)号: | CN108823292A | 公开(公告)日: | 2018-11-16 |
发明(设计)人: | 谢冬梅;金传山;彭代银;俞年军;刘丛彬;朱月健;吴计划;孙小草 | 申请(专利权)人: | 安徽中医药大学;安徽普康中药资源有限公司;北京同仁堂安徽中药材有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6858 | 分类号: | C12Q1/6858;C12Q1/6895 |
代理公司: | 厦门智慧呈睿知识产权代理事务所(普通合伙) 35222 | 代理人: | 杨玉芳 |
地址: | 230038 *** | 国省代码: | 安徽;34 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 牡丹 种质鉴定 种质来源 多态性 测序 种质 微卫星分子标记 多态性筛选 高通量测序 加尾引物 鉴定手段 结构科学 设计合成 引物设计 牡丹皮 转录组 凤丹 根皮 引物 样本 鉴别 验证 筛选 中药 检测 应用 分析 开发 | ||
1.一种用于药用牡丹和油用牡丹种质鉴定的方法,其特征在于:所述鉴定方法如下:
步骤一:选取药用牡丹和油用牡丹作为验证样本;
步骤二:选择仪器与试药,NAS-99分光光度计、BC-subMIDI电泳槽、BG-Power300C电泳电源、1-14离心机、Verity PCR仪、凝胶成像仪、DHP-9052恒温培养箱、摇床、3730xl基因分析仪、HiSeq2500,内切酶HaeIII(NEB R0108M)、Hi-Di去离子甲酰胺、POP-7胶、10×Buffer(4311320)、Platinum taq酶(Thermo,10966026);
步骤三:引物设计与多态性引物筛选,采用改良CTAB法提取样品DNA,凝胶电泳检测质量,对合成的44对不同引物进行扩增,
步骤四:将步骤三所述的44对不同引物进行扩增,TP-M13-SSR扩增反应体系为10μL,降落扩增程序;
步骤五:将步骤四所述的不同引物进行扩增,降落扩增程序后用琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物,挑选有目的条带的产物上3730xl基因分析仪检测后进行数据分析;
步骤六:通过不同来源的随机两份验证样本进行再次扩增后进行测序,筛选后获得6对具有多态性引物;
步骤七:将步骤六所述筛选后获得5对多态性引物TP-M13-SSR所检测的不同药用牡丹和油用牡丹栽培种质在不同SSR位点的多态性原始数据;
步骤八:观察验证原始测序峰图可以看出,利用筛选的SSR引物对20份不同种质材料进行扩增后测序,获得不同位点的等位基因片段大小。
2.根据权利要求1所述的一种用于药用牡丹和油用牡丹种质鉴定的方法,其特征在于:所述步骤四中,TP-M13-SSR扩增反应体系为10μl,包括primers(5uM)各0.3μl、10×PCRBuffer 1μl、dNTP(10mM)0.8μl、Taq酶(5U/ul)0.12μll、DNA模板1μl以及ddH2O 6.48μl。
3.根据权利要求1所述的一种用于药用牡丹和油用牡丹种质鉴定的方法,其特征在于:所述步骤四中,降落扩增程序:95℃预变性2min;95℃变性30s,起始退火62℃30s,10个循环,其中每个循环下降1℃;94℃再次变性30s,50℃退火30s,72℃延伸30s,35个循环;最后72℃延伸5min,4℃保存。
4.根据权利要求1所述的一种用于药用牡丹和油用牡丹种质鉴定的方法,其特征在于:所述步骤六中,基于二核苷酸重复序列开发的引物C77878可以较好地区分两种栽培牡丹,不同产地药用牡丹扩增后等位基因长度约为169bp、171bp、173bp、175bp或177bp,二核苷酸重复次数为4-5次,而油用牡丹扩增后等位基因长度约为169bp和171bp,二核苷酸重复次数为1-2次。
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