[发明专利]一种SNP标记及其应用

权利要求书

1.一种白菜类作物抽薹开花时间相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记是位于白菜类作物A10染色体上BrFLC1基因的外显子1第58位的核苷酸，其为A或C。

2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述BrFLC1基因的野生型编码序列如SEQ ID NO:1所示，所述SNP标记的位置是基于1.5版本的白菜基因组序列而确定的。

3.根据权利要求1或2中所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的BrFLC1基因的等位基因型包括AA基因型、AC基因型和CC基因型，其中，AA基因型白菜类作物个体的抽薹和/或开花时间晚于AC和CC基因型的个体。

4.一种预测白菜类作物抽薹开花时间的方法，包括检测白菜类作物样本中的根据权利要求1-3中任意一项所述的SNP标记，以确定白菜类作物的BrFLC1基因的等位基因型。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，采用选自等位基因特异PCR、单碱基延伸法、DNA测序法、质谱法和KASP法中的一种或多种来检测白菜类作物的基因组、基因组片段和/或转录组中的所述SNP标记。

6.根据权利要求4或5所述的方法，其包括：

步骤A，提取白菜类作物样品的基因组，获得DNA模板；

步骤B，将DNA模板与KASP Primer mix和KASP Master mix混合，获得PCR反应体系并进行扩增，获得PCR扩增产物；

步骤C，根据PCR扩增产物的荧光信号的种类，确定白菜类作物样品中BrFLC1存在的(A/C)变异位点的基因型，通过BrFLC1存在的(A/C)变异位点的基因型确定白菜类作物样品的抽薹和/或开花时间。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，在步骤B中，所述KASP Primer mix包括三条特异性引物，分别为两条带有不同荧光标记的正向荧光引物和一条反向引物；

其中，所述荧光标记的序列位于正向荧光引物的5'端，所述正向荧光引物的3'端用于识别所述SNP标记的变异位点；

所述反向引物能够与BrFLC1等位基因的序列互补配对，且反向引物序列能够使所述扩增产物的片段长度为60-120bp。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述荧光标记的序列为FAM荧光标记序列或VIC荧光标记序列。

9.根据权利要求7或8所述的方法，其特征在于，两条所述正向荧光引物的序列分别为：

序列1：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGAACAAAAGTAGCCGACAAGTTA-3'，其序列如SEQ IDNO:3所示；

序列2：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAGAACAAAAGTAGCCGACAAGTTC-3'，其序列如SEQ IDNO:4所示；

所述反向引物序列为：5'-GAGACCGTTGCGTCGTTTRGAGAA-3'，其序列如SEQ ID NO:5所示。

10.根据权利要求6-9中任意一项所述的方法，其特征在于，在步骤B中，所述PCR反应体系为：

；

所述PCR扩增的步骤为：

；

优选地，所述PCR扩增还包括以下步骤：

。

11.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，在步骤C中，所述PCR扩增产物发出的荧光为单一荧光信号时，白菜类作物样本为SNP标记的AA/CC基因型个体；所述PCR扩增产物发出的荧光为混合荧光信号时，白菜类作物样本为SNP标记的AC基因型个体。

12.一种如权利要求1-3中任意一项所述的SNP标记或权利要求4-11中任意一项所述的方法在白菜类作物抽薹和/或开花时间早晚鉴定、预测、监控或白菜类作物育种中的应用或用途。