[发明专利]一种SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了一种SNP标记，所述SNP标记是位于白菜类作物A10染色体上BrFLC1基因的外显子1第58位的核苷酸，其野生型为A，突变型为C。所述SNP标记的AA基因型个体的抽薹开花时间晚于AC和CC基因型的个体。该SNP标记可以用于白菜类作物的遗传鉴定与育种。

技术领域

本发明属于作物分子育种技术领域，具体涉及一种SNP标记及其应用。

背景技术

白菜类作物包括大白菜、小白菜、菜薹、芜菁、紫菜薹、乌塌菜等多种类型的蔬菜作物以及作为油料作物的白菜型油菜，其营养丰富，在世界各地具有悠久栽培历史。抽薹开花是白菜类作物生产中重要的农艺形状之一，也是影响其繁衍后代的关键的生物学性状。不同类型的白菜类作物，抽薹开花时间有差异：春油菜、沙逊油菜和菜心类型开花很早，是极早熟类型；不结球白菜、紫菜薹和意大利菜心等属于中早熟类型；大白菜、乌塌菜和日本水菜等开花较晚，属于晚熟类型；在非春化条件下，芜菁很难抽薹开花，属于极晚熟的二年生类型。先期抽薹是指植株还未达到商品采收期就提前抽薹，降低甚至丧失商品性的现象。先期抽薹一般会导致产量下降，品质降低，成为困扰白菜类作物生产的一道难题。由此可见，研究白菜类作物抽薹开花机制，防止先期抽薹开花，对于提高白菜品质有重大意义。

FLC是开花抑制因子，参与了植物开花调控网络中的春化路径和自主路径，在营养生长向生殖生长转换的调控网络中起到重要作用。低温可以抑制FLC基因的表达，从而解除FLC对开花的抑制作用，使得植物开花。FLC基因丧失功能会导致植物对低温的要求降低，不需要经历低温抑制FLC基因表达的过程，从而表现为早开花。

白菜是一个经历过基因组多倍化的物种，存在LF、MF1和MF2三个发生分化的亚基因组。在这三个亚基因组中分别有1个来自于三倍化复制的FLC基因，除此之外还有一个来自于α复制保留的FLC基因。四个FLC基因分别是A02上的BrFLC2，A03上的BrFLC3和BrFLC5，以及A10上的BrFLC1。其中BrFLC1、BrFLC2、BrFLC3分别存在于3个共同的祖先基因组序列模块R中，来源于白菜基因组的三倍化复制。BrFLC5位于非共线性区域(I block与J block之间)，是拟南芥与白菜的共同祖先发生基因组α复制的结果，在拟南芥中丢失了这个拷贝，但在白菜中保留下来。

BrFLC1(http://brassicadb.org，Bra009055)在白菜中已明确其与开花时间调控相关。

对于白菜类蔬菜的生产栽培，先期抽薹开花意味着植株提前从营养生长转为生殖生长，影响其产品器官的品质及产量，因此先期抽薹的发生会对农民经济收入造成很大的影响。因此，培育耐先期抽薹的品种一直是白菜育种的一个重要任务。开发能够鉴定白菜抽薹开花的早晚相关的SNP对白菜育种以及生产具有重要意义。而现有技术中关于白菜抽薹开花的早晚相关的SNP发现不足，对白菜育种形成制约。

发明内容

本发明所要解决的技术问题之一是针对白菜类作物存在多拷贝FLC基因的情况，需要针对不同BrFLC基因的等位变异进行检测，本发明提供基于KASP(Kompetitive AlleleSpecific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)技术鉴定白菜类作物BrFLC1基因上的一个功能变异位点的SNP标记检测技术体系，所述SNP标记操作简便，能够鉴定白菜类作物控制抽薹开花相关基因BrFLC1存在的Pe1+58(A/C)的功能性变异位点，从而在白菜类作物耐抽薹性分子育种中有效地开展标记辅助选择。

较为具体地，本发明第一方面提供了一种白菜类作物抽薹开花时间相关的SNP标记，所述SNP标记是位于白菜类作物A10染色体上BrFLC1基因的外显子1第58位的核苷酸，其为A或C。