[发明专利]GBS获取白菜类作物基因组SNP构建指纹图谱的方法

权利要求书

1.基于GBS技术获取白菜类作物全基因组高密度SNP位点构建指纹图谱的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)按照表1的酶切方案，预测单酶切或双酶切白菜类材料基因组所获得的酶切片段分布情况；

(2)根据酶切片段分布特点设计条形码接头及PCR扩增引物；

(3)构建简化基因组测序文库；

(4)利用步骤(3)构建的文库进行上机测序；

(5)根据测序结果获得SNP标记位点，用于构建指纹图谱；

表1酶切方案

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)所述条形码接头的碱基序列为：

正链：5′-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACXXXXXXXXACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3′

负链：5′-P-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACYYYYYYYYATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3′

其中，所述正链中的XXXXXXXX代表正链条形码序列，所述负链中的YYYYYYYY代表负链条形码序列。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述正链条形码序列XXXXXXXX和所述负链条形码序列YYYYYYYY选自以下任一条序列：

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)所述PCR扩增引物的碱基序列为：

PF：5′-AATGATACGGCGACCACCGA-3′

PR：5′-CAAGCAGAAGACGGCATACG-3′。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(3)包括以下子步骤：

(a)按照表1的酶切方案，对白菜类材料基因组进行单酶切或双酶切；

(b)酶切片段进行3′端加A处理，连接条形码接头；

(c)将条形码接头与酶切产物进行连接反应，获得连接产物；

(d)将连接产物等比例进行混池，获得混池后的连接产物；

(e)对混池后的连接产物进行纯化浓缩，得到纯化产物；

(f)对纯化产物进行PCR扩增获得PCR产物；

(g)PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，回收目的片段，即得简化基因组测序文库。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，利用GBS技术，根据白菜类作物的特异性，通过酶切，筛选酶切位点在白菜类作物基因组上分布均匀，可应用于鉴定白菜类作物的SNP位点进行指纹图谱分析，优选的酶切方案为A、E、F、G或J。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述酶切方案为E。