[发明专利]与水牛产奶性状相关的QTL及其筛选方法和应用

权利要求书

1.与水牛产奶性状相关QTL的筛选方法，其特征在于，具体筛选步骤如下：

(1)样本采集及基因分型：对122头水牛进行血样样本采集，同时收集来自Colli etal.2018报道的74头水牛的基因型数据；针对122头水牛的血样样本采用BuffaloGenotyping Array进行水牛个体的基因分型；针对所有个体的基因型数据，采用plink软件进行SNP质控，其中满足以下选择阈值的个体将被排除：minor allele frequency≤0.05，SNP call rate≤95％，individual call rate≤95％；

(2)群体遗传分析：

1)群体结构分析：用EIGENSOFT软件进行水牛群体主成分分析，MEGA7软件构建系统发育进化树，结合ADMIXTURE软件进行群体结构分析，以判定研究群体间的分层情况；

2)连锁不平衡分析：根据上一步的群体结构分析结果，可将研究水牛群体分为两个组；针对每组，用PopLDdecay软件进行连锁不平衡衰减分析，探究水牛群体的遗传多样性和变异情况；

3)连续性纯合片段分析：用detectRUNS R包对河流型和沼泽型水牛组样本进行ROH分析，分析的主要参数如下：windowSize＝15，threshold＝0.05，minSNP＝20，andminDensity＝1/50000；F_ROH值的计算公式如下：

(3)选择信号鉴定：用hapFLK软件针对高产奶和低产奶的两个群体进行选择信号分析，FDR0.01阈值作为判定比较组之间选择信号显著的标准；

(4)水牛产奶性状相关的QTL鉴定：

a、收集489头地中海水牛的基因型和表型数据；

b、HaploView软件可视化连锁的分子标记，利用PHASE软件构建个体的单倍型；

c、用SAS9.4软件分析QTL与水牛产奶性状之间的关联性；

关联分析的模型如下：

Y_ijklm＝μ+H_l+Y_i+S_k+P_j+B_m+e_ijklm，

其中，Y_ijklm＝性状观察值，μ＝平均数，H_l＝4牛场的牛场固定效应，Y_i＝年份固定效应，S_k＝2季节的季节固定效应，P_j＝8个胎次水平的胎次固定效应，B_m＝单倍型的固定效应，e_ijklm＝残差。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述水牛产奶性状包括最高峰值产奶量、产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率；

通过步骤(4)得到的关联性的单倍型中对围绕含有最高显著性SNP的0.5-Mb窗口进行单倍型分析：

8号染色体Block2，12号染色体Block2和19号染色体Block1与水牛中的乳蛋白率和乳脂率显著相关；

8号染色体Block3，12号染色体Block1，16号染色体Block1，19号染色体Block2，19号染色体Block5和24号染色体Block1与水牛的产奶量，乳脂量或乳蛋白量相关显著相关；

对单倍型组合分析：

在11号染色体Block2中，与其他双倍型的水牛相比，具有双倍型H1H3的水牛显示出更高的产奶量，乳脂量和乳蛋白量，而双倍型H3H4的水牛和H1H2的水牛具有最高峰值产奶量和乳脂率或乳蛋白率；

在12号染色体Block2中具有双倍型H2H2的水牛与乳脂率和乳蛋率高度显著相关；

在16号染色体Block1，具有双倍型H2H2的水牛具有与最高峰值产奶量、乳脂量和乳蛋白量显著相关的最高水平，而双倍型H1H4的水牛对产奶量具有最高的遗传效应；

在19号染色体Block5中具有双倍型H2H4的水牛具有与更高的峰值产奶量、产奶量、乳脂量和乳蛋白量显著相关的最高水平。