[发明专利]与水牛产奶性状相关的QTL及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开与水牛产奶性状相关的QTL及其筛选方法和应用。与水牛产奶性状相关的QTL的筛选方法，具体步骤：样本采集及基因分型、群体遗传分析、选择信号鉴定和水牛产奶性状相关的QTL鉴定。筛选出11_Block2、12_Block2、16_Block1和19_Block5等4个含有最高显著性SNP的QTL；应用11‑Block2中H1H3、H3H4或H1H2，12_Block2中H2H2，16_Block1中H2H2，16_Block1中H1H4，19_Block5中H2H4进行判定和选育具有优良产奶性状的水牛。本发明为选育具有优良产奶性能的奶水牛提供技术支撑，是一种新的辅助检测水牛产奶性状的新方法。

【技术领域】

本发明涉及生物技术领域，具体涉及与水牛产奶性状相关的QTL及其筛选方法和应用。

【背景技术】

水牛是我国南方地区重要的特色奶用畜种，具有奶质优良，营养丰富，具有“奶中之王”值美称，深受消费者的喜爱。然而，较低的产奶量已成为了影响水牛产业发展的重大科学问题。众所周知，产奶性状是奶水牛的一个重要经济性状，属于数量性状，由微效多基因控制。遗传解析水牛产奶性状将对提升该物种的单产水平具有重要的科学意义。

随着现代生物技术的迅猛发展，育种理论及其相关技术发生了重大变革，其中分子育种已成为当前家畜育种的主流手段。数量性状基因座(Quantitative trait loci，QTL)表示的是控制数量性状基因在基因组中的位置，其定位可作为分子育种的一种辅助工具。用SNP标记技术对QTL区域进行定位，动态跟踪QTL与连续变化的数量性状表型间的密切关系，可提高数量性状优良基因型选择的准确性和预见性，从而促进其遗传进展。显然，QTL已成为分子育种领域研究的热点和难点。然而，相比其他畜种，水牛产奶性状相关的QTL分析研究较少。现唯有Liu et al.(2018)报道了2个影响意大利地中海水牛产奶性状的QTL区域(Liu JJ,et al. Genome-wide association studies to identify quantitativetrait loci affecting milk production traits in water buffalo.J DairySci.2018,101(1):433-444.)。因此，目前已筛选出的与奶水牛产奶性状相关的QTL依然较少，这远远不能满足分子育种的需求。

本发明涉及与水牛产奶性状相关的QTL及其筛选方法和应用，增加了与水牛产奶性状相关的QTL数量，能够为今后奶水牛分子育种研究奠定基础。

【发明内容】

本发明的发明目的在于：针对上述存在的问题，提供与水牛产奶性状相关的QTL及其筛选方法和应用，通过筛选与水牛产奶性状相关的QTL，并将该QTL应用于判定和选育特定性状的水牛，为选育具有优良性状的奶水牛品种提供技术支撑。

为了实现上述目的，本发明采用的技术方案如下：

与水牛产奶性状相关的QTL的筛选方法，具体筛选步骤如下：

(1)样本采集及基因分型：对122头水牛进行血样样本采集，同时收集来自Colliet al. (2018)报道的74头水牛的基因型数据；针对122头水牛的血样样本采用Buffalo Genotyping Array进行水牛个体的基因分型；针对所有个体的基因型数据，采用plink软件进行SNP质控，其中满足以下选择阈值的个体将被排除：minor allelefrequency(MAF)≤0.05， SNP call rate≤95％，individual call rate≤95％；

(2)群体遗传分析：

1)群体结构分析：用EIGENSOFT软件进行水牛群体主成分分析，MEGA7软件构建系统发育进化树，结合ADMIXTURE软件进行群体结构分析，以判定研究群体间的分层情况；