[发明专利]产生核酸文库的方法以及用于实践所述方法的组合物和试剂盒

说明书

提供了产生核酸文库的方法。所述方法包含将单链核酸结合蛋白结合的单链核酸(SSB结合的ssNA)、衔接子寡核苷酸和夹板寡核苷酸结合，以形成包含所述夹板寡核苷酸与所述SSB结合的ssNA的末端区域并与所述衔接子寡核苷酸杂交的复合物。所述第一衔接子寡核苷酸的端部与所述SSB结合的ssNA的第一末端区域的端部相邻，并且所述方法可以进一步包含共价连接相邻端部。还提供了例如在实践本公开的所述方法中有用的组合物和试剂盒。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2018年6月6日提交的美国临时专利申请第62/681,524号的权益，所述申请通过引用以其整体并入本文。

背景技术

核酸测序已成为遗传学研究的越来越重要的领域，用于诊断和其它应用中。通常，核酸测序由确定核酸，如RNA或DNA的片段的核苷酸顺序组成。通常会分析相对短的序列，并且可以在各种生物信息学方法中使用所得序列信息来将片段与参考序列进行比对，或者将片段在逻辑上整合在一起，以便可靠地确定衍生出所述片段的长得多的遗传物质的序列。已经开发了对特性片段的自动化的基于计算机的检查，并且最近已将其用于基因组图谱定位、个体之间的遗传变异分析、基因和其功能的鉴定等。

用于高通量DNA测序的几种方法依赖于通用扩增反应，由此对DNA样品进行随机片段化，然后进行处理，从而使得不同片段的端部都含有相同的DNA序列。具有通用端部的片段可以在单个反应中用单个扩增引物对进行扩增。通用引发序列到待通过PCR扩增的靶的端部上的添加可以通过多种方法实现。例如，可以使用在其5'端处具有通用序列并且在其3'端处具有简并序列的通用引物从复杂靶序列或靶序列的复杂混合物中随机扩增片段。引物的简并3'部分在DNA上的随机位置处退火，并且可以扩展以生成在其5'端处具有通用序列的靶的副本。

可替代地，含有通用引发序列的衔接子可以连接到靶序列的端部。一种或多种衔接子可以用于与靶序列的连接反应。与目前用于通过一个或多个用于通用扩增的衔接子序列的连接制备核酸测序文库的方法相关联的缺点是此类方法所需的时间和费用。

发明内容

提供了产生核酸文库的方法。所述方法包含将单链核酸结合蛋白结合的单链核酸(SSB结合的ssNA)、衔接子寡核苷酸和夹板寡核苷酸结合，以形成包含所述夹板寡核苷酸与所述SSB结合的ssNA的末端区域并与所述衔接子寡核苷酸杂交的复合物。所述第一衔接子寡核苷酸的端部与所述SSB结合的ssNA的第一末端区域的端部相邻，并且所述方法可以进一步包含共价连接相邻端部。还提供了例如在实践本公开的所述方法中有用的组合物和试剂盒。

附图说明

图1.根据本公开的一个实施例的产生核酸文库的方法的示意性说明。

图2.本公开的示例性方法与用于经降解DNA(上图)和现代(modern)DNA(下图)的其它方法的比较。

图3.头发DNA长度分布。左图示出了通过圣克鲁斯方法(Santa Cruz method)(SRL3)由现代头发DNA产生的模板分子的所观察长度。如对毛干中的DNA所期望的，完整分子的长度通常很短。右图(SRL4)中示出了类似的长度分布。

图4.SRL3和SRL4中的估计的文库复杂度(独特分子的数量)。

图5.文库复杂度比较。使用本公开的示例方法SS2.0、BEST和叉状衔接子连接制备了测序文库。在三次实验中，使用Preseq(左)或通过qPCR(右)根据几百万个读段对文库复杂度(文库中独特分子的数量)进行了估计。本公开的示例方法将比下一最佳方案SS2.0多2到3倍的提取DNA转化成测序文库。

具体实施方式