[发明专利]用于MERFISH和其他应用的扩增方法和系统

权利要求书

1.一种方法，其包括：

将样品暴露于核酸探针；

将核酸探针暴露于能够结合核酸探针的初级扩增器核酸，其中最大数量的初级扩增器核酸能够结合核酸探针；

将初级扩增器核酸暴露于能够结合初级扩增器核酸的次级扩增器核酸，其中最大数量的次级扩增器核酸能够结合初级扩增器核酸；

使用荧光确定样品内核酸探针的分布；

基于样品内的荧光分布创建代码字；和

对于至少一些代码字，将代码字与有效代码字匹配，任选地其中如果没有找到匹配，则对代码字应用错误校正以形成有效代码字。

2.权利要求1的方法，其包括将所述样品暴露于至少5种不同的核酸探针。

3.权利要求1或2中任一项的方法，其包括将所述样品暴露于至少10种不同的核酸探针。

4.权利要求1-3中任一项的方法，其包括将所述样品暴露于至少100种不同的核酸探针。

5.权利要求1-4中任一项的方法，其包括将所述样品顺序地暴露于多个核酸探针。

6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述多个核酸探针包括具有不同序列的核酸探针的组合性组合。

7.权利要求6的方法，其中核酸探针的组合性组合靶向样品中RNA种类的组合性组合。

8.权利要求6或7中任一项的方法，其中核酸探针的组合性组合靶向样品中DNA序列的组合性组合。

9.权利要求1-8中任一项的方法，其中所述多个核酸探针中的至少一些包含DNA。

10.权利要求1-9中任一项的方法，其中所述多个核酸探针中的至少一些包含RNA。

11.权利要求1-10中任一项的方法，其中所述多个核酸探针的平均长度为10至300个核苷酸。

12.权利要求1-11中任一项的方法，其中所述多个核酸探针中的至少一些被配置为结合所述样品内的核酸。

13.权利要求1-12中任一项的方法，其中所述多个核酸探针中的至少一些包含靶序列和一个或多个读取序列。

14.权利要求13的方法，其中所述多个核酸探针的靶序列的平均长度为10至200个核苷酸。

15.权利要求13或14中任一项的方法，其中所述靶序列与编码蛋白质的核酸序列基本上互补。

16.权利要求13-15中任一项的方法，其中所述靶序列通过特异性结合与靶标结合。

17.权利要求16的方法，其中所述靶标包括RNA。

18.权利要求17的方法，其中所述RNA包括非编码RNA。

19.权利要求17或18中任一项的方法，其中所述RNA包括mRNA。

20.权利要求17-19中任一项的方法，其中所述RNA包括转移RNA(tRNA)。

21.权利要求17-20中任一项的方法，其中所述RNA包括核糖体RNA(rRNA)。

22.权利要求16-21中任一项的方法，其中所述靶标包括DNA。

23.权利要求22的方法，其中所述DNA包括基因组DNA。