[发明专利]一种用于鉴定桃果肉红/非红性状的InDel标记、引物对及其应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定桃果肉红/非红性状的InDel标记、引物对及其应用，该InDel标记位于桃基因组第5条染色体的第707474bp与第707475bp之间，其所对应的上游引物BLproF的序列如SEQ ID NO.2所示，下游引物BLproR的序列如SEQ ID NO.3所示。本发明利用引物对的上游引物位于已知参考序列上，下游引物位于插入序列上，扩增产物为1041bp，对3个杂交群体共计455份待测单株进行分子标记基因型准确率验证。结果表明，凡是扩增出1041bp左右条带的单株，均为红肉桃，扩增不出条带的单株，均为非红肉桃，验证准确率达100％。利用本发明的InDel标记进行桃果肉颜色的鉴定，具有迅速、便捷、低成本等优点，能够在生产中实现大规模应用。

技术领域

本发明涉及一种用于鉴定桃果肉颜色(红/非红)性状的InDel标记、引物对及其应用，属于生物技术领域。

背景技术

果肉颜色作为桃的主要农艺性状，在人们评价桃果实品质中发挥着重要感官作用。根据花色素苷含量的多少，桃果肉分为白肉、黄肉、红肉，其中红肉因富含花色素苷，不仅具有强烈的视觉冲击力，还具备清除体内自由基、抗肿瘤、防止心血管硬化的功效；另外，红肉中的花色素苷，作为色素添加剂，更具天然、健康等优点。所以，红肉桃深受消费者青睐。但目前用作种植的红肉桃大都是地方品种，外观、风味及硬度均存在缺陷，要获得商品性良好的红肉桃品种，则需加大选育力度。但对于果实而言，其色泽需要结果之后才能观察，而桃树从实生苗定植到结果至少需要3年时间，因而选择时间较晚；另外，桃树树体高大，占地多，生长季长，在果肉色泽观察之前的几年时间里，大量的实生苗管理需要高昂的成本。这些均不利于育种效果，因此开发与色泽性状紧密连锁的分子标记，在实生苗期就淘汰与红肉性状无关的植株，能够减小选择群体，降低选育成本，提高选育效率，对推进红肉桃育种进程具有重要意义。

有关红肉性状与分子标记定位的研究，国内外学者均有所涉及。Quilot等人利用‘prunus davidiana clone P1908’和‘Summergrand’将红肉性状定位到了第3染色体上，与该性状连锁的分子标记为CFF14、UDP96-008。Gillen等人将红肉性状定位在第4条染色体上，连锁的分子标记为C41H，该标记与红肉性状的遗传距离约为10.3cM。沈志军等人亦将红肉性状定位在第4条染色体上，连锁标记为SNP-IGA-386619与SNP-IGA-378198。另外，该作者将另外一个红肉性状定位在第5条染色体顶端，连锁的分子标记为与AMPPGl44、AMPPGl52、AMPPGl57、AMPPGl78和CPPCT040，基因型鉴定表明，80个作图群体单株，仅一株标记与性状发生重组。章秋平等利用‘大久保’与‘天津水蜜’F1群体，将红肉性状定位在BPPCT016和M7/E6-280标记之间，两标记间的遗传距离约为0-20cM。周晖等人利用‘大红袍’与‘曙光’F2群体为材料，亦将红肉性状定位在第5条染色体顶端，连锁的分子标记为WPS21、WPS22和WPS23，其中WPS23在大红袍中为杂合，属于‘ef*eg’型标记，当杂交后代基因型为ee或eg时，果肉为红色，为ef或fg时，果肉为非红色。

目前，已有的连锁标记，有的距离红肉性状距离较远，在杂交后代的早期鉴定中准确率较低；有的虽与红肉性状紧密连锁，在杂交后代中鉴定的准确率亦较高，但并不是导致果肉变红的主要因素，并且都是SSR类型标记，鉴定步骤较繁琐，所以，开发准确性高、操作便捷的分子标记显得很有必要。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的是提供一种用于鉴定桃果肉颜色(红/非红)性状的InDel标记、引物对及其应用，该标记在鉴定桃果肉颜色(红/非红)性状时具有很高的准确性。

为了实现上述目的，本发明的技术方案是：

一种用于鉴定桃果肉红/非红性状的InDel标记，位于桃基因组第5条染色体的第707474bp与第707475bp之间。