[发明专利]基于高通量测序的真假基因突变分析方法及应用

权利要求书

1.一种基于高通量测序的真假基因突变分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

获取差异位点：将同源真基因和假基因的参考序列进行比较，获取其中具有差异的差异位点；

NGS数据比对：获取NGS测序数据，比对至参考基因组序列，以最优比对原则，得到覆盖真基因差异位点的真基因reads和覆盖假基因差异位点的假基因reads，分别将真基因reads和假基因reads与上述差异位点进行比较，识别对应差异位点坐标的碱基，得到真基因reads组和假基因reads组，分别对真基因reads组和假基因reads组在此差异位点坐标的碱基类型进行计数，得到对应于同一差异位点的真基因reads数和假基因reads数；

真假基因突变分析：以上述同一差异位点的真基因reads数和假基因reads数之间的比值作为判断指标，按照预定策略，进行真基因的突变分析判断。

2.根据权利要求1所述的基于高通量测序的真假基因突变分析方法，其特征在于，所述真假基因突变分析步骤中，如所述同源真基因与假基因在参考基因组序列中的拷贝数比为1:1，则按照如下策略进行判断：

当真基因reads数和假基因reads数之间的比值为0.9-1.1，则判断该差异位点处真基因无突变；

当真基因reads数和假基因reads数之间的比值为0.43-0.63，则判断该差异位点处真基因存在杂合缺失风险；

当真基因reads数和假基因reads数之间的比值为0.25-0.43，则判断该差异位点处真基因存在被假基因片段置换或者突变为假基因的点突变风险；

当真基因reads数和假基因reads数之间的比值为0-0.1，则判断该差异位点处真基因存在纯合缺失、两个拷贝均被假基因片段置换或者突变为假基因的点突变风险。

3.根据权利要求1所述的基于高通量测序的真假基因突变分析方法，其特征在于，所述真假基因突变分析步骤中，如所述同源真基因与假基因在参考基因组序列中的拷贝数比不确定，则按照如下策略进行判断：

当真基因reads数和假基因reads数之间的比值为0-0.1，则判断该差异位点处真基因存在纯合缺失、两个拷贝均被假基因片段置换或者突变为假基因的点突变风险。

4.根据权利要求1-3任一项所述的基于高通量测序的真假基因突变分析方法，其特征在于，所述NGS数据比对步骤中，将对比到真基因reads中此差异位点坐标碱基与参考基因组序列一致的reads作为真基因reads组，将对比到假基因的reads中此差异位点坐标碱基与参考基因组序列一致的reads作为假基因reads组；

当所述差异位点为非多态性位点，以上述真基因reads数和假基因reads数之间的比值作为判断指标；

当所述差异位点为多态性位点，则将对比到真基因reads中此差异位点坐标的碱基与参考基因组序列不一致的reads单独列出，再根据碱基类型，将reads分为多态性位点组或致病位点组，将所述多态性位点组并入上述真基因reads组，以合并后真基因reads数和假基因reads数之间的比值作为判断指标。

5.根据权利要求1所述的基于高通量测序的真假基因突变分析方法，其特征在于，所述同源真基因和假基因包括：SMN1和SMN2、CYP21A2和CYP21A1P中的至少一对。

6.权利要求1-5任一项所述的基于高通量测序的真假基因突变分析方法在研发和制备真假基因突变分析装置中的应用。