[发明专利]检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途在审
申请号: | 202110009727.6 | 申请日: | 2021-01-05 |
公开(公告)号: | CN114717339A | 公开(公告)日: | 2022-07-08 |
发明(设计)人: | 孙婉莹;雷晓乐;裴娜;李俊桦 | 申请(专利权)人: | 深圳华大生命科学研究院 |
主分类号: | C12Q1/689 | 分类号: | C12Q1/689;C12Q1/04;C12M1/34;C12M1/00 |
代理公司: | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人: | 肖阳 |
地址: | 518083 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 检测 snp 试剂 制备 试剂盒 中的 用途 | ||
1.检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途,所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型,其特征在于,所述SNP位点包括下列至少之一:以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组,第218514位、第4907417位、第5141114位。
2.根据权利要求1所述的用途,其特征在于,所述SNP位点进一步包括选自表2所列SNP位点的至少之一。
3.一种确定肺炎克雷伯菌药敏表型的方法,其特征在于,包括:
(1)确定预定SNP位点的碱基类型,其中,所述预定SNP位点包括选自下列的至少之一:以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组,第218514位、第4907417位、第5141114位;和
(2)基于所述碱基类型,确定待测菌株的药敏表型。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A T时,为所述待测菌株具有耐药性的指示;
任选地,当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C C时,为所述待测菌株不具有耐药性的指示;
任选地,当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T C C时,为所述待测菌株不具有耐药性的指示;
任选地,当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C T时,为所述待测菌株不具有耐药性的指示;
任选地,当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C A C时,为所述待测菌株不具有耐药性的指示;
任选地,当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次T C T时,为所述待测菌株不具有耐药性的指示;
任选地,当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C A T时,为所述待测菌株不具有耐药性的指示;
任选地,当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A C时,为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述SNP位点进一步包括选自表2所列SNP位点的至少之一。
6.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,在步骤(2)后,进一步包括基于表2对所述待测菌株进行耐药率判断。
7.一种试剂盒,所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型,其特征在于,包括引物和/或探针,其中,所述探针和/或引物用于识别和/或扩增下列SNP位点至少之一:以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组,第218514位、第4907417位、第5141114位。
8.根据权利要求7所述的试剂盒,其特征在于,进一步包括可以识别表2所列SNP位点至少之一的探针;
任选地,进一步包括可以扩增表2所列SNP位点至少之一的引物。
9.一种用于确定肺炎克雷伯菌药敏表型的分析装置,其特征在于,包括:
SNP位点确定单元,确定预定SNP位点的碱基类型,其中,所述预定SNP位点包括选自下列的至少之一:以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组,第218514位、第4907417位、第5141114位;
药敏表型确定单元,基于所述碱基类型,确定所述待测菌株的药敏表型。
10.根据权利要求9所述的装置,其特征在于,进一步包括:
耐药率确定单元,基于表2对所述待测菌株进行耐药率判断。
11.一种用于指导用药的设备,所述设备用于确定治疗肺炎克雷伯菌相关疾病的药物,其特征在于,包括:
权利要求9或10所述的分析装置;以及
药物确定装置,所述药物确定装置基于所述分析装置的结果,确定用于治疗肺炎克雷伯菌的药物。
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