[发明专利]检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途

说明书

本发明提供了检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型，其中，所述SNP位点包括下列至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位。

技术领域

本发明涉及生物医药领域，具体地，涉及检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途，更具体地，涉及确定肺炎克雷伯菌药敏表型的方法、试剂盒、用于确定肺炎克雷伯菌药敏表型的分析装置、用于指导用药的设备。

背景技术

肺炎克雷伯菌是一种常见的医院相关病原体，被认为是对人类健康的紧迫威胁，也是抗生素抗性中最令人担忧的病原体之一，其与一些非常重要的耐多药(MDR)病原并称为ESKAPE(屎肠球菌，金黄色葡萄球菌，肺炎克雷伯氏菌，鲍曼不动杆菌，铜绿假单胞菌和肠杆菌属)。

随着抗生素的广泛使用，肺炎克雷伯菌的临床多药耐药率也逐渐上升。不仅对临床常用的二三四代头孢菌素、氨基糖苷及氟喹诺酮类药物呈现较高的耐药率，对治疗超级耐药菌的最后一线碳青霉烯类药物的耐药率也在逐年升高，正在导致临床治疗无药可用的形势；同时，目前临床上鉴定耐药的基本方法主要为基于培养测定细菌最小抑菌浓度，存在培养阳性率低及耗时较长的问题。此外，市面上已有的基于PCR检测的试剂盒主要针对细菌特定的某些酶基因进行检测，存在不能覆盖全部耐药基因的局限性。

因此，开发一种可以实现快速全面检测肺炎克雷伯菌药敏表型的方法非常重要。

发明内容

在本发明的第一方面，本发明提出了检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型。根据本发明的实施例，所述SNP位点包括下列至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位。根据本发明的实施例，检测待测菌株基因组中上述SNP位点的碱基，可以高效准确地确定待测菌株是否属于耐药菌株。

在本发明的第二方面，本发明提出了一种确定肺炎克雷伯菌药敏表型的方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：(1)确定预定SNP位点的碱基类型，其中，所述预定SNP位点包括选自下列的至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位；(2)基于所述碱基类型，确定待测菌株的药敏表型。根据本发明实施例的方法，对待测菌株的基因组进行分析，通过上述SNP位点特定的碱基类型，可以确定待测菌株是否属于耐药菌株，并且，可以进一步分析其他特定的SNP位点，进一步确定待测菌株的药物耐药分类，并获取对每种药物耐药率信息，高效便捷，不需要指定特定基因，一次性可以解决多种药物耐药分类，给出耐药信息，指导临床用药。

在本发明的第三方面，本发明提出了一种试剂盒，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型，其特征在于，包括引物和/或探针，其中，所述探针和/或引物用于识别和/或扩增下列SNP位点至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位。根据本发明实施例的试剂盒可以针对上述位点进行检测，进而高效准确地确定待测菌株的进化分支，判断其是否属于耐药菌株。

在本分明的第四方面，本发明提出了一种用于确定肺炎克雷伯菌药敏表型的分析装置。根据本发明的实施例，所述装置包括：SNP位点确定单元，确定预定SNP位点的碱基类型，其中，所述预定SNP位点包括选自下列的至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位；和药敏表型确定单元，基于所述碱基类型，确定所述待测菌株的药敏表型。根据本发明实施例的分析装置利用在本发明第二方面所提出的方法，对待测菌株的药敏表型进行鉴定，判断待测菌株是否属于耐药菌株。