[发明专利]一种基于滚环扩增和DNA折纸术的外泌体膜蛋白检测方法在审
申请号: | 202110937829.4 | 申请日: | 2021-08-16 |
公开(公告)号: | CN113699218A | 公开(公告)日: | 2021-11-26 |
发明(设计)人: | 崔大祥;徐艳;徐颖湉;朱君;杨迪诚 | 申请(专利权)人: | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6844 | 分类号: | C12Q1/6844;C12N15/11 |
代理公司: | 上海东亚专利商标代理有限公司 31208 | 代理人: | 董梅 |
地址: | 201109 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 扩增 dna 折纸 外泌体 膜蛋白 检测 方法 | ||
1.一种基于滚环扩增和DNA折纸术的外泌体膜蛋白检测方法,其特征在于,
包括以下步骤:
(1)构建识别单元:构建带有外泌体膜蛋白aptamer和引物链的发夹结构的识别单元;
(2)滚环扩增:将识别单元与外泌体孵育,识别单元与膜蛋白识别后,释放引物链,引发滚环扩增,得到一条长的具有重复序列的DNA单链;
(3)DNA折纸:利用DNA折纸技术,将扩增产物有序折叠,同时引入富含鸟嘌呤的序列,在有K+存在的条件下形成G-四联体;
(4)检测:G-四联体与氯高铁血红素孵育后,通过氧化还原反应实现外泌体膜蛋白检测和信号输出。
2.根据权利要求1所述基于滚环扩增和DNA折纸术的外泌体膜蛋白检测方法,其特征在于,所测外泌体膜蛋白为PAMA、EpCAM、HER-2、CD63、CD-81中的任意一种。
3.根据权利要求1所述基于滚环扩增和DNA折纸术的外泌体膜蛋白检测方法,其特征在于,所述的识别单元具有发卡结构,由物质的量相等的两条单链反应得到,一条链由外泌体膜蛋白aptamer与引物链组成,另一条为block序列;
由外泌体膜蛋白aptamer与引物链组成的单链,其序列选自但不限于:SEQ ID NO 1、SEQ ID NO 3、SEQ ID NO 5、SEQ ID NO 7、SEQ ID NO 9;
block序列选自但不限于:SEQ ID NO 2、SEQ ID NO 4、SEQ ID NO 6、SEQ ID NO 8、SEQID NO 10;
构建环DNA的序列如SEQ ID NO 9或者SEQ ID NO 10所示,其中SEQ ID NO 9所示序列为5’端磷酸修饰单链,DNA10为其连接模板DNA;
形成DNA折纸结构的订书钉链的序列如SEQ ID NO 11、SEQ ID NO 12或者SEQ ID NO13所示。
4.根据权利要求1所述基于滚环扩增和DNA折纸术的外泌体膜蛋白检测方法,其特征在于,所述的滚环扩增的时间范围是10-60 min。
5.根据权利要求1所述基于滚环扩增和DNA折纸术的外泌体膜蛋白检测方法,其特征在于,所述的滚环扩增的反应时间为30 min。
6.根据权利要求1所述基于滚环扩增和DNA折纸术的外泌体膜蛋白检测方法,其特征在于,
构建识别单元为:
设计一对由两条单链构成的发夹结构,一条链由外泌体膜蛋白aptamer与引物链组成,另一条为block序列,两条单链以浓度比1:1在95℃温度下反应5 min,缓慢降温,得到发夹结构识别单元;
所述的滚环扩增为:
取1~10 μM 识别单元与外泌体提取液混合均匀,37℃孵育30 min,记为混合物I。混合物I与1~5 μM 环DNA,phi29 DNA聚合酶,1 mM dNTP 在1xRCA反应缓冲液混合均匀,30℃反应10-60min,反应液在65℃温度下反应10 min,使DNA聚合酶失活,反应产生的单链DNA用乙醇沉淀,作为脚手架单链DNA被用于进行折纸反应;或者
所述的DNA折纸为:
取5 uL、浓度为100 uM的、富含鸟嘌呤的订书钉链DNA1-3种,混合均匀,作为混合物II,脚手架单链DNA和混合物II以1:5-1:20的摩尔比混合均匀,在含有K+的1×TAE-Mg2+缓冲溶液中,PCR仪95℃缓慢退火,反应后记为混合物III;或者
所述的检测为:取混合物II与 hemin、H2O2以及ABTS溶液混合均匀后,形成的DNA酶催化还原H2O2、氧化鲁米诺化学发光或者氧化ABTS生成蓝绿色的自由基阳离子,监测其在410nm处吸光值的变化。
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