[发明专利]基因融合的检测方法和装置

权利要求书

1.一种基因融合的检测方法，所述方法包括以下步骤：

(1)取待测样本的基因组DNA片段，将所述DNA片段末端加接头；

(2)根据步骤(1)使用的接头序列和位于目标区域上游或下游的序列设计PCR引物，以步骤(1)获得的DNA片段为模板进行PCR扩增，获得PCR产物；

(3)使用纳米孔测序的方法，对步骤(2)获得的PCR产物进行测序；

(4)将步骤(3)得到的测序结果与参照基因组序列比对，以确定所述待测样本的目标区域是否发生基因融合。

2.根据权利要求1所述的检测方法，其中，在步骤(1)中，所述DNA片段的长度为2kb-15kb；优选9kb-11kb；

和/或，在步骤(1)中，所述DNA片段为将所述基因组DNA随机打断获得的；优选地，所述随机打断采用物理法或酶切法；更优选地，所述随机打断为酶切法打断；进一步优选地，所述酶切法打断使用Tn5转座酶或MuA转座酶；

和/或，在步骤(1)中，在所述DNA片段末端加接头之前进行DNA片段末端修复；

和/或，在步骤(1)中，当使用Tn5转座酶打断所述基因组DNA时，所述打断、末端修复和加接头一步完成，随后使用ddNTP将所述DNA片段进行3’羟基端封闭。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，在步骤(2)中，所述目标区域包含非编码区；优选地，所述目标区域包含启动子区和/或内含子区域；和/或，

所述目标区域包含临近的未知区域；优选地，所述未知区域位于所述目标区域的上游区域。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中，在步骤(2)

中，所述PCR为巢式PCR；和/或，

在步骤(2)中，根据步骤(1)使用的接头序列和距离目标区域的上游或下游150bp-1000bp处的序列设计巢式引物；优选地，根据步骤(1)使用的接头序列和距离目标区域的上游或下游150bp-500bp处的序列设计巢式引物；优选地，所述巢式引物的外引物的3’端与内引物的5’端有5-15bp的重叠区；更优选地，所述巢式引物的长度为25-30bp；进一步优选地，所述巢式引物的TM值为70℃；

和/或，在所述巢式PCR中，对第一轮扩增产物进行片段分选后再进行第二轮扩增；优选地，对第二轮的产物进行片段分选，以获得更长的PCR产物。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，在步骤(3)中，在所述纳米孔测序之前，对所述PCR产物进行末端修复并连接测序接头。

6.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，在步骤(4)中，确定所述基因融合发生的位置，和/或确定所述基因融合发生的频率。

7.一种基因融合的检测装置，所述装置包括：基因组DNA处理模块，用于提取待检测样本的DNA，然后打断、末端修复并加接头；目标区域捕获模块，用于使用经设计的PCR引物扩增检测样本的DNA片段，并获得包含目标区域的PCR产物；测序模块，用于通过纳米孔测序的方法对PCR产物进行测序，并获得测序结果；检测模块，用于将得到的测序结果与参照基因组序列比对，以确定所述待测样本的目标区域是否发生基因融合。

8.如权利要求1至6中任一项所述的方法或如权利要求7所述的装置，其中所述待测样本为组织样本；优选为血液样本；和/或

所述待测样本为冰冻样本、穿刺样本或FFPE样本。

9.如权利要求1至6中任一项所述的方法或如权利要求7所述的装置的用途，其包括如下(1)-(3)中的至少一种：

(1)检测待测样本的目标区域是否发生基因融合的用途；

(2)检测待测样本的目标区域发生基因融合的频率的用途；

(3)确定待测样本的目标区域发生基因融合的位置的用途；

优选地，所述目标区域包含非编码区；更优选地，所述目标区域包含启动子区和/或内含子区域；

优选地，所述目标区域包含临近的未知区域；更优选地，所述未知区域位于所述目标区域的上游区域。

10.一种用于诊断融合基因引起的疾病的试剂盒，所述试剂盒包含权利要求1-6中任一项所述方法中使用的试剂组合；

优选地，所述融合基因引起的疾病选自白血病、淋巴癌、或非小细胞肺癌。