[发明专利]一种鉴别火把花根与其混伪品的引物及方法在审
申请号: | 202111244598.5 | 申请日: | 2021-10-26 |
公开(公告)号: | CN113862390A | 公开(公告)日: | 2021-12-31 |
发明(设计)人: | 王江瑞;蔡蓓蕾;王学政;赵建权;欧洪 | 申请(专利权)人: | 重庆市药研院制药有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/686;C12Q1/6806;C12N15/11;C12N15/10 |
代理公司: | 重庆市嘉允启行专利代理事务所(普通合伙) 50243 | 代理人: | 胡柯 |
地址: | 400800 重庆市*** | 国省代码: | 重庆;50 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 鉴别 火把 与其 伪品 引物 方法 | ||
1.一种鉴别火把花根与其混伪品的引物,其特征在于,包括有引物对ITS2F和ITS3R,其中正向引物ITS2F的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,反向引物ITS3R的核苷酸序列如SEQID No.2所示。
2.一种根据权利要求1所述的引物对鉴别火把花根与其混伪品的方法,其特征在于,具体步骤如下:
1)分别提取火把花根与其混伪品的基因组DNA;
2)分别以步骤1)中提取的取火把花根与其混伪品的基因组DNA为扩增模板,以引物对ITS2F和ITS3R作为引物,进行PCR扩增,分别得到取火把花根与其混伪品的扩增产物;
3)分别将步骤2)中的各扩增产物利用3%琼脂糖凝胶进行电泳检测其DNA纯度,并将扩增好的DNA进行双向测序;
4)分别将步骤3)中所得的各测序峰图利用CodonCode Aligner V 6.0.2软件进行校对拼接,除去引物区,然后基于隐马尔夫模型的HMMer注释方法将所有测得的序列用CodonCode Aligner V 6.0.2除去两端的5.8S和28S区,从而分别获得火把花根与其混伪品的内部转录间隔区ITS2序列;
5)分别将火把花根与其混伪品的ITS2序列与在GenBank上下载的序列,通过MEGA6.0软件进行序列的比对分析,并计算K2P种间遗传距离建立NJtree,同时利用bootstrap重复检验各分支的支持率,使用PseudoViewer2.5,结合ITS2序列分别绘测出火把花根与其混伪品的ITS2二级结构,通过对比火把花根与其混伪品的ITS2二级结构快速准确地鉴别出火把花根与其混伪品。
3.根据权利要求2所述的引物对鉴别火把花根与其混伪品的方法,其特征在于,所述引物对ITS2F和ITS3R中ITS2F为正向引物,其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,ITS3R为反向引物,核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。
4.根据权利要求2所述的引物对鉴别火把花根与其混伪品的方法,其特征在于,所述火把花根的混伪品包括有雷公藤、东北雷公藤、苦皮藤、南蛇藤、金樱根中的一种或多种。
5.根据权利要求4所述的引物对鉴别火把花根与其混伪品的方法,其特征在于,所述火把花根的ITS2核苷酸序列如SEQ ID No.3所示,所述雷公藤的ITS2核苷酸序列如SEQ IDNo.4所示,所述东北雷公藤的ITS2核苷酸序列如SEQ ID No.5所示,所述苦皮藤的ITS2核苷酸序列如SEQ ID No.6所示,所述南蛇藤的ITS2核苷酸序列如SEQ ID No.7所示,所述金樱根的ITS2核苷酸序列如SEQ ID No.8所示。
6.根据权利要求2所述的引物对鉴别火把花根与其混伪品的方法,其特征在于,步骤1)中所述提取火把花根与其混伪品的基因组DNA提取方法为:采用75%乙醇分别擦洗火把花根与其混伪品的表面,并将其分别粉碎成细分,分别取火把花根与其混伪品各60mg,分别加入液氮后,用全自动快速球磨仪研磨5min,30次/s,分别得到火把花根与其混伪品的样品;
利用优化后的植物DNA提取试剂盒,分别对火把花根与其混伪品的样品按照试剂盒说明操作提取样品总DNA,即得分别提取的火把花根与其混伪品样品的DNA模板。
7.根据权利要求6所述的引物对鉴别火把花根与其混伪品的方法,其特征在于,所述优化后的植物DNA提取试剂盒包括有以下试剂:氯仿、缓冲液GP1、冷冻异丙醇、吸附柱CB3、缓冲液GD、漂洗液PW。
8.根据权利要求2所述的引物对鉴别火把花根与其混伪品的方法,其特征在于,步骤2)中所述PCR扩增反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性30s,退火最佳温度为56℃,30s;72℃延伸2min,40个循环;72℃延伸10min。
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