[发明专利]一种流行性腮腺炎病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种流行性腮腺炎病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，所述MNP标记位点是指在流行性腮腺炎病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部毒株具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括MNP‑1～MNP‑15的标记位点；所述引物如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.30所示。所述MNP标记位点能特异的鉴定流行性腮腺炎病毒并区分不同的毒株；所述引物互不干扰，综合多重扩增和测序技术，可一次性对多样本的所有标记位点进行序列分析；所述试剂盒具有高通量、多靶点、高灵敏、监测变异和免培养的检测优势，可应用于大规模样本的检测，对流行性腮腺炎病毒的科研和防疫监测均具有重要意义。

技术领域

本发明实施例涉及生物技术领域，特别涉及一种流行性腮腺炎病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用。

背景技术

流行性腮腺炎病毒(Mumps virus)是一种RNA病毒，人是腮腺炎病毒唯一宿主，病毒经飞沫传播，易感者为学龄期儿童。临床表现主要为一侧或双侧腮腺肿大，伴发热、乏力、肌肉疼痛等，约0.1％的患儿可并发病毒性脑膜炎。腮腺炎也是导致儿童期获得性耳聋的常见原因。疫苗接种是有效的预防措施。腮腺炎病后可获牢固的免疫力。腮腺炎病毒仅有一个血清型，毒株的变异会影响临床医学的诊断方案。另外，对于流行性腮腺炎病毒的实验研究来说，毒株的变异会导致不同实验室或同一实验室不同时期相同命名的毒株实际上并不相同，导致实验结果的不可重现和不可比较。人Hella细胞实验室间的异质性已经导致大量的实验结果的不可比较和数据浪费。因此，开发快速、准确的、可监测变异的流行性腮腺炎病毒检测方法对于流行性腮腺炎病毒的监测和科学研究都具有重要意义。

经典的流行性腮腺炎病毒检测方法，包括分离培养、PCR技术、全基因组和宏基因组测序等，在依赖于病毒的培养、时长、操作复杂度、检测通量、检测变异的准确性和灵敏度、成本等方面存在一个或多个局限。融合超多重PCR扩增和高通量测序的靶向分子标记检测技术，可以在低微生物含量的样本中靶向的富集目标微生物，避免了全基因组依赖于病原菌的分离培养和宏基因组测序带来的大量数据浪费和背景噪音的局限，具有样本需要量少、诊断结果精确，节约数据量、检测低频变异和免培养的优势。现有的靶向检测技术检测的分子标记主要包括SNP和SSR标记。SSR标记是公认的多态性最高的标记，但在微生物中数量少；SNP标记数量巨大，分布密集，是二态性标记，单个SNP标记的多态性不足以捕获微生物种群中潜在的等位基因多样性。

因此，开发流行性腮腺炎病毒的高多态性的新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题。

发明内容

本发明目的是提供一种流行性腮腺炎病毒特异的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，可以对流行性腮腺炎病毒进行定性的鉴定和变异检测，具有多靶标、高通量、高灵敏和精细分型的效果。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

在本发明的第一方面，提供了一种流行性腮腺炎病毒特异的MNP标记位点，所述MNP标记位点是指在流行性腮腺炎病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括流行性腮腺炎病毒参考序列上MNP-1～MNP-15的标记位点。

上述技术方案中，MNP-1～MNP-15的标记位点具体如说明书表1所示，表1中标注的所述MNP标记的起始和终止位置是基于表1中MNP同一行对应的参考序列确定的。

在本发明的第二方面，提供了一种用于检测所述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，所述多重PCR引物组合物包括15对引物，具体的引物序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.30所示。

上述技术方案中，每个MNP标记位点的引物包括上引物和下引物，具体如说明书表1所示。

在本发明的第三方面，提供了一种用于检测所述流行性腮腺炎病毒MNP标记位点的检测试剂盒，所述试剂盒包括所述的引物组合物。