[发明专利]一种人偏肺病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种人偏肺病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，所述MNP标记位点是指在人偏肺病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括MNP‑1～MNP‑11的标记位点；所述引物如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.22所示。所述MNP标记位点能特异的鉴定人偏肺病毒并精细的区分不同的亚型；所述引物互不干扰，综合多重扩增和测序技术，可一次性对多样本的所有标记位点进行序列分析，具有高通量、多靶点、高灵敏和检测低频变异的优势，可应用于大规模样本的人偏肺病毒的鉴定和遗传变异检测，对人偏肺病毒的科研、退化监测具有重要意义。

技术领域

本发明实施例涉及生物技术领域，特别涉及一种人偏肺病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用。

背景技术

人偏肺病毒(human metapneumovirus)属副黏病毒科，为单股负链RNA病毒，是一种易引发急性呼吸道感染的病毒，于2001被荷兰学者首次发现，随后发现该病毒在世界范围内普遍存在，并已经在人类中传播了至少50年。人偏肺病毒被认为是导致呼吸道感染的第二大原因，感染后主要表现为发热、咳嗽、鼻塞、流涕等症状，临床表现与常见的呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus，RSV)感染类似。该病毒的特点是1-3岁的幼儿为易感人群，且存在着反复感染的情况。目前人偏肺病毒感染机制尚不完全清楚，临床治疗无针对性，也没有疫苗进入临床使用。因此，快速、准确的人偏肺病毒的检测对于及时诊断病因，做到早发现早治疗，减少病情恶化具有重要意义。另外，人偏肺病毒作为群体生物，在和宿主、环境的互作中，群体内个体会发生变异，导致检测或治疗方法的失效；对于实验研究来说，这种不易被察觉的变异会导致不同实验室或同一实验室不同时期相同命名的毒株实际上并不相同，导致实验结果的不可重现和不可比较。因此，开发快速、准确的、可监测变异的人偏肺病毒检测分析方法对于人偏肺病毒的临床治疗、防疫检测和科学研究和都具有重要意义。

经典的人偏肺病毒检测方法，包括分离培养、PCR技术、全基因组和宏基因组测序等，在时长、操作复杂度、检测通量、检测变异的准确性和灵敏度、成本等方面存在一个或多个局限。融合超多重PCR扩增和高通量测序的靶向分子标记检测技术，可以在低微生物含量的样本中靶向的富集目标微生物，避免了全基因组和宏基因组测序带来的大量数据浪费和背景噪音，具有样本需要量少、诊断结果精确，节约数据量、检测低频变异的优势。

现有的靶向检测技术检测的分子标记主要包括SNP和SSR标记。SSR标记是公认的多态性最高的标记，但在微生物中数量少；SNP标记数量巨大，分布密集，是二态性标记，单个SNP标记的多态性不足以捕获微生物种群中潜在的等位基因多样性。

因此，开发病原微生物人偏肺病毒的高多态性的新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题。

发明内容

本发明目的是提供一种人偏肺病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，可以对人偏肺病毒进行定性鉴定和变异检测，具有多靶标、高通量、高灵敏和精细分型的效果。

为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

在本发明的第一方面，提供了一种人偏肺病毒的MNP标记位点，所述MNP标记位点为在人偏肺病毒基因组上筛选的物种特异的、且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括KC562224.1基因组上的MNP-1、MNP-3～MNP-4、MNP-6、MNP-8～MNP-9、MNP-11的标记位点以及KC403972.1基因组上的MNP-2、MNP-5、MNP-7和MNP-10的标记位点。

上述技术方案中，MNP-1～MNP-11的标记位点具体如说明书表1所示，表1中标注的所述MNP标记的起始和终止位置是基于表1中MNP同一行对应的参考序列确定的。