[发明专利]一种基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法

权利要求书

1.一种基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

采集多个大白猪不同个体的DNA样品，进行猪SNP芯片基因型检测，并统计大白猪不同个体的繁殖性状，将得到的数据基于GEMMA全基因组关联分析方法进行分析；筛选与繁殖性状显著关联的单核苷酸多态SNPs以及候选基因，整合基因功能注释筛选大白猪繁殖性能相关的SNP分子标记。

2.根据权利要求1所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，所述繁殖性状包括：总产仔数、产活仔数、健仔数、断奶头数、出生窝重、断奶窝重、校正21日龄窝重。

3.根据权利要求1所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，全基因组关联测序数据经过质控后，利用GEMMA软件基于GLM模型进行关联分析，挖掘出与大白猪繁殖性能相关的SNPs，其中GLM模型为Y＝X_α+Q_β+K_γ+e，式中，Y为性状值，X_α为基因型值，Q_β为固定效应，K_γ为随机效应，e为残差。

4.根据权利要求1所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，群体分层对大白母猪繁殖性能的指标绘制Q-Q图，来判断关联分析中是否出现偏差和样本群体的分层现象。

5.根据权利要求1所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，使用R语言绘制SNP位点密度分布图、相关性热图、QQ plot图以及曼哈顿图，计算遗传多样性分布。

6.根据权利要求1所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，显著SNPs基于基因注释在获得全基因组关联分析的显著SNPs位点后，下载该位点上下游500kb的碱基序列，通过NCBI和Ensembl数据库进行序列比对，对显著SNPs进行候选基因注释。

7.根据权利要求1所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，剔除没有对应到猪Sus scrofa11.1版本参考基因组位置的位点和Y染色体上的位点；剔除SNP检出率小于90％的位点、不符合哈代-温伯格平衡检验的位点、最小等位基因频率MAF5％的位点以及样本检出率小于90％的个体。

8.根据权利要求1所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，采集大白猪的耳尾组织提取DNA。

9.根据权利要求1所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，其特征在于，利用紫外分光光度计检测DNA浓度，利用1％的琼脂糖凝胶电泳检测DNA的质量，将质量合格的DNA稀释至50ng/μL进行测定。

10.根据权利要求1～9任一项所述的基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法在大白猪分子育种中的应用。