[发明专利]一种基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法

说明书

本发明属于家畜养殖技术领域，公开了一种基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，在丹系大白母猪中随机选择695头作为全基因组关联分析的实验对象，记录第一胎总产仔数、产活仔数、健仔数、断奶头数以及出生窝重、断奶窝重、校正21日龄窝重等繁殖性能数据，采集该群体的耳尾组织，提取基因组DNA，经过检测所提取到的基因组DNA的完整性、纯度及浓度，最终进行55K SNP芯片基因型测定，然后对丹系大白母猪繁殖性状的7项指标进行全基因组关联分析，筛选出7个显著SNP位点以及12个候选基因，为今后优质高产大白猪新品种选育提供理论支撑。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法。

背景技术

中国是猪生产大国，猪肉也是人们日常消费的主要肉类，截止2021年我国生猪出栏量保持在4.0亿头以上，面对较大的出栏规模，只要对猪某一个重要性状进行改良就可能带来巨大的经济效益，因此迫切需要鉴定重要性状的主效基因或遗传标记并应用于育种中，可以加快遗传选育进度，提高经济效益。在猪一些重要性状中，繁殖性能特别是产仔数，属于低遗传力的数量性状，其遗传力约为0.1，因此通过传统的育种手段较难获得理想的遗传进展。随着分子生物学的发展，标记辅助选择(Marker assisted selection,MAS)、基因组选择(Genome selection,GS)等技术被逐渐应用到动物育种实践中，比较有效地提高了育种工作的效率，但是缺乏可靠的分子标签这一现状也限制了分子育种效果的发挥。近年来，多基因标记筛选方法发展迅速，全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)已成为主流方法之一，其可在全基因组范围内筛选某个性状的相关变异，通过全基因组关联分析方法鉴定低遗传力性状的遗传标记已成为现代育种工作的常用手段。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS，鉴定出大量单核苷酸多态性(Single nucleotidepolymorphism,SNP)标记、数量性状基因座(Quantitative trait locus，QTL)和候选基因为猪育种提供必要的分子基础，同时有助于后续相关功能基因的研究和数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotide，QTN)的鉴定。目前全基因组关联分析GWAS技术在人类疾病和动物复杂性状中寻找候选基因或基因组区域得到广泛应用，关于猪GWAS研究主要集中在肉质性状、生长、酮体性状以及疾病易感性等方面，而对大白猪总产仔数(Totalnumber of born,NBA)、产活仔数(Number of born alive,NBA)、窝重(Litter Weight,LW)等重要繁殖性状性能相关遗传标记及候选基因缺乏系统的筛选与深入研究。

发明内容

为了筛选大白猪产仔数、有效产仔数、窝重等繁殖性状的候选基因及SNP标记，采用Affymetrix porcine 55K芯片对695头单系大白母猪开展了基因分型和全基因组关联分析。结果显示：在总产仔数、产活仔数、断奶头数、出生窝重、校正21日龄窝重5个繁殖性状中共发现了7个显著SNP和12个候选基因，通过功能注释，最终筛选出了STT3B、TUSC3、THRB等作为产仔性状重要候选基因，为后续通过分子育种手段提升丹系大白猪繁殖性能奠定了基础。

有鉴于此，本发明实施例提供一种大白猪繁殖性能相关候选标记的筛选方法，主要目的是为其在培育优质高产大白猪的分子育种中的应用。

开展分子育种的前提是筛选某一性状的有效遗传标记，方可对其进行进一步的功能试验及群体验证。因此本申请想通过对大白猪繁殖性能数据进行全基因组关联分析，以期获得繁殖性能相关的重要SNPs位点及候选基因。

为实现本发明的目的，本发明采用的技术方案是：

一种基于全基因组关联分析筛选大白猪繁殖性能相关候选标记的方法，所述方法包括以下步骤：

采集多个大白猪不同个体的DNA样品，进行猪SNP芯片基因型检测，将得到的数据