[发明专利]鉴定三疣梭子蟹氨氮耐受性状的InDel标记C142、引物及其应用

说明书

本发明涉及一种鉴定三疣梭子蟹氨氮耐受性状的InDel标记C142、引物及其应用。属于DNA分子标记技术领域，所述分子标记C142是一种InDel标记，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，缺失纯合为氨氮耐受基因型。本发明还利用所述分子标记C142设计得到了一对有效的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示的扩增引物。所述分子标记C142和其扩增引物能够从分子水平对耐氨氮的三疣梭子蟹个体进行鉴定和筛选，方法简单、准确可靠，有效加快耐氨氮三疣梭子蟹新品种的选育进程。

技术领域

本发明属于DNA分子标记技术领域，具体涉及一种鉴定三疣梭子蟹氨氮耐受性状的Indel标记C142、引物及其应用。

背景技术

三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）属节肢动物门，甲壳纲，十足目，梭子蟹科，梭子蟹属，为主要分布于渤海、黄海、东海的重要海产经济蟹类。因其肉味鲜美，营养丰富，含蛋白质、维生素A、B1、B12和尼克酸，以及钙、磷、铁等元素，深受国内外消费者喜爱。自上世纪90年代开始，三疣梭子蟹人工养殖在我国迅速发展，至2019年养殖年产量已达11.38万吨。然而，随着养殖集约化程度的提高，养殖密度不断增大，饵料投入不断增加，致使养殖水体中的氮源过剩。过剩的有机氮能够被转化无机氮。氨氮被认为是养殖水体中毒性最高的无机氮。氨氮积累能够显著抑制三疣梭子蟹生长，造成组织损伤，甚至导致个体的大量死亡。因此，氨氮耐受性状是三疣梭子蟹重要的选育性状之一，对于提高养殖成活率和提升养殖效益至关重要。

插入/缺失（insertion-deletion, InDel）标记是指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失。InDel标记具有开发成本低、多态性丰富、变异稳定等优点。此外，其本质上为长度多态性分子标记，可通过PCR扩增和琼脂糖电泳进行快速分型，方法简单、准确性高。目前，InDel标记已在分子标记辅助育种中得到了广泛的应用。开发耐氨氮性状相关的分子标记对三疣梭子蟹遗传选育具有重要的意义。

发明内容

本发明提供了一种鉴定三疣梭子蟹氨氮耐受性状的分子标记C142、引物及其应用。所述分子标记C142的引物能够准确高效的鉴定出三疣梭子蟹的氨氮耐受性状。

为实现上述发明目的，本发明采用以下技术方案予以实现：

本发明提供了一种鉴定三疣梭子蟹氨氮耐受性状的InDel标记C142，所述InDel标记C142所在的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述分子标记C142的氨氮耐受基因型为缺失纯合型，即SEQ ID No.1第202至227碱基缺失。

本发明还提供了所述的分子标记C142的鉴别引物，所述引物的核苷酸序列如SEQID No.2和SEQ ID No.3所示。

本发明还提供了所述引物在筛选具有氨氮耐受性状的三疣梭子蟹品种中的应用。

进一步，所述筛选的步骤为：提取三疣梭子蟹待测样品的DNA作为模板，利用所述分子标记C142的鉴别引物C142-Forward和C142-Reverse进行PCR扩增，得到的PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，若电泳结果中所述分子标记C142的基因型为缺失纯合型，即在120bp处具有扩增条带，则该三疣梭子蟹待测样品具有氨氮耐受性状。

进一步，所述PCR扩增的条件为：94 ℃预变性30 S；98 ℃变性10 S，55 ℃退火30S，72 ℃延伸30 S，重复35个循环。

本发明还提供了所述的鉴别引物在用于制备筛选三疣梭子蟹氨氮耐受品种的检测试剂中的应用。

本发明还提供一种检测三疣梭子蟹氨氮耐受性的试剂盒，所述试剂盒包括所述引物。

本发明与现有技术相比的有益效果：