[发明专利]三樟黄贡椒叶绿体基因组及其应用

权利要求书

1.三樟黄贡椒叶绿体基因组，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

2.权利要求1所述的三樟黄贡椒叶绿体基因组在鉴定三樟黄贡椒品种中的应用。

3.权利要求1所述的三樟黄贡椒叶绿体基因组在重建辣椒属系统发育树中的应用。

4.一种三樟黄贡椒品种鉴定方法，其特征在于，所述鉴定方法包括：

(1)采用CTAB法提取样品总DNA提取；

(2)对提取的总DNA进行Oxford Nanopore PromethION三代测序和Illumina NovaSeq高通量二代测序；

(3)叶绿体基因组拼接和组装；

(4)将组装好的样品叶绿体基因组核苷酸序列与三樟黄贡椒的叶绿体基因组核苷酸序列进行比对，当其相似指数达到99.95％以上时，才确定为三樟黄贡椒。

5.根据权利要求4所述的三樟黄贡椒品种鉴定方法，其特征在于，步骤(4)将组装好的样品叶绿体基因组核苷酸序列与三樟黄贡椒的叶绿体基因组核苷酸序列进行比对，当其序列完全一致时，确定为三樟黄贡椒。

6.根据权利要求4或5所述的三樟黄贡椒品种鉴定方法，其特征在于，步骤(3)所述叶绿体基因组拼接和组装的方法具体为：

(1)使用Flye软件对高通量测序数据进行de novo组装；

(2)基于已经公开发表的辣椒属叶绿体基因组序列作为参考序列，将拼接结果进行blastn比对，基于比对情况并确定候选序列组装结果；

(3)连接好的序列，若包含gap，即含N序列，则使用Gapcloser进一步补洞，完成叶绿体基因组的拼接和组装，并进行人工校对；

(4)利用专门针对叶绿体的注释软件CPGAVAS2进行基因注释后并绘图，从而获得完整的三樟黄贡椒叶绿体基因组，利用DOGMA软件绘制叶绿体基因组注释图。

7.根据权利要求6所述的三樟黄贡椒品种鉴定方法，其特征在于，所述Flye软件的version：v.2.8.3；参数：-meta-plasmids；所述blastn的version：2.2.30+；参数：-evalue1e-5；所述Gapcloser的Version：1.12。