[发明专利]一种与猪胴体性状相关的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与猪胴体性状相关的分子标记及其应用，属于猪分子标记制备领域。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，该序列的第371bp处存在A/G碱基突变；SEQ ID NO:1所示序列的第371bp处存在AA、AG或GG三种基因型，其中A等位基因为优势等位基因。本发明还提供了用于检测该位点的引物对，并建立了相应的检测方法，为猪胴体品质的遗传改良提供了新的分子标记，实现了对猪胴体性状进行早期选择；检测方法高效、准确，从而加速了猪遗传改良的进程，提高了猪育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及猪分子标记制备领域，特别是涉及一种与猪胴体性状相关的分子标记及其应用。

背景技术

猪胴体性状一直是猪重要的经济性状，是遗传改良的目标性状之一。胴体性状主要有屠宰率、内脂率、背膘厚、瘦肉率、眼肌面积等。屠宰率和胴体瘦肉率高的猪能带来更高的经济效益。由于胴体性状无法进行活体测定，常规育种方法对这类性状的改良无法实施个体选择，往往采用同胞选择进行改良，其改良效果不佳。分子标记辅助选择(Marker-assisted sel ection,MAS)的出现大大加速了猪育种的进程，它是利用与特定性状相关联的分子标记作为辅助手段进行选择育种，具有快速、准确、不受环境影响等优点，不仅能大大减少育种的人力物力消耗，而且能缩短育种时限。

用于MAS的分子标记包括蛋白质标记，微卫星标记，单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，简称SNP)标记等。SNP标记指由基因组单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，包括碱基转换、颠换、缺失或插入等。随着猪基因组测序和高密度SNP的开发，发掘了一些与猪胴体性状相关的基因和SNP标记，然而，仍缺少功能明确、效应显著且可直接用于育种的与胴体性状相关的SNP标记。因此，有必要深入挖掘与猪胴体性状相关的SNP分子标记，以利用其选育高品质猪肉的猪种，实现我国猪育种理论和技术水平的提升。

胞质5′核苷酸酶1A(cytosolic 5'-nucleotidase 1A,NT5C1A)基因，在人的骨骼肌和小鼠的胫骨前肌表达量较高(Hunsucker et al.,2001；Sala-N ewby et al.,1999)；抗NT5C1A自身抗体可以作为包涵体肌炎(一种肌肉疾病)的标记物(Amlani et al.,2019)。迄今为止，尚无有关NT5C1A基因作为猪胴体性状分子标记的相关报道。

发明内容

本发明的目的是提供一种与猪胴体性状相关的分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，为猪胴体性状的分子标记辅助育种提供一种新的分子标记，以缩短育种进程，提高育种效率。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种与猪胴体性状相关的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，该序列的第371bp处存在A/G碱基突变。

优选的是，SEQ ID NO:1所示序列的第371bp处存在AA、AG或G G三种基因型，其中A等位基因为优势等位基因。

本发明还提供一种扩增所述的分子标记的引物对，所述引物对包括如SEQ ID NO:2所示的上游引物和如SEQ ID NO:3所示的下游引物。

本发明还提供一种检测猪胴体性状的试剂盒，包括所述的分子标记，或者所述的引物对。

本发明还提供一种检测猪胴体性状的方法，包括如下步骤：

步骤1：以待测猪个体的DNA为模板，利用权利要求3所述的引物对扩增，获取扩增产物；

步骤2：对所述扩增产物进行测序，并使用基因分析软件对测序结果进行基因分型。

优选的是，扩增体系为：DNA模板100ng、PCR mix 25μL、上游引物和下游引物各1μL、加ddH₂O补至总体积50μL。