[发明专利]一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法

权利要求书

1.一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其特征在于包括以下步骤：

步骤一、构建土壤非冗余致病细菌数据库；

步骤二、完成对土壤/植物样品DNA的提取；

步骤三、完成样品的16S rRNA基因测序，获得测序下机数据；

步骤四、采用DADA2分析流程封装土壤非冗余致病细菌库，获得代表性序列；

步骤五、将代表性序列与土壤非冗余致病菌数据库比对注释致病细菌，得到最终的ASV物种表。

2.根据权利要求1所述的一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其特征在于，所述步骤二中，通过FastDNA试剂盒完成对土壤/植物样品DNA的提取；所述步骤三中，利用Illumina PE250测序平台完成样品的16S rRNA基因测序。

3.根据权利要求1所述的一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其特征在于，所述步骤四中，采用DADA2流程对测序下机数据进行包括去除接头、质控、降噪、合并双端、去除嵌合体的步骤处理，获取代表性序列。

4.根据权利要求1所述的一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其特征在于，所述步骤五中，通过uclust软件，设置相似度阈值为＝90％，将代表性序列与土壤非冗余致病细菌数据库比对注释致病细菌，得到ASV物种表。

5.根据权利要求1所述的一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其特征在于，在步骤五之后，通过R语言对ASV物种表中不同样品的致病细菌组成、多样性特征进行可视化作图。

6.根据权利要求5所述的一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其特征在于，通过R语言将ASV物种表进行丰度、多样性指数的计算及可视化，以进一步明确样品中致病细菌的多样性特征；在计算致病细菌丰度时，对注释到致病细菌的ASV丰度作对数变换；

PR＝log₁₀ΣP_sum

H＝-∑P_i(ln P_i)

其中PR表示致病菌丰度，H代表多样性指数，P_sum表示样本中致病细菌ASV的绝对丰度数量，P_i表示样品中属于第i种个体的比例，如样品总个体数为N，第i种个体数为ni，则P_i＝ni/N，各种之间，个体分配越均匀，H值就越大；如果每一个体都属于不同的种，多样性指数就最大；如果每一个体都属于同一种，则其多样性指数就最小。