[发明专利]一种与斑点叉尾鮰生长相关的rrp44基因SNP位点的分子标记及其检测方法和应用

说明书

本发明提供一种与斑点叉尾鮰生长相关的rrp44基因SNP位点的分子标记及其检测方法和应用，设计覆盖rrp44基因全区域的引物并获取20个单倍型SNP分子标记，用于筛选快速生长的斑点叉尾鮰个体。筛选基因型为A/A和G/G个体作为亲本，产生A/G单倍型的个体。本发明的方法，操作简单、检测迅速，提高了斑点叉尾鮰亲本筛选的准确性，可以快速获得生长速度快且遗传稳定的斑点叉尾鮰鱼亲本。

技术领域

本发明专利属于水产动物分子标记辅助育种领域，具体涉及一种与斑点叉尾鮰生长相关的rrp44基因SNP位点的分子标记及其检测方法和应用。

背景技术

斑点叉尾鮰(Ictalures punctatu)是世界上重要的水产养殖品种，占美国年水产养殖产量的60％以上。自1984年引进我国以来，我国多省均有养殖斑点叉尾鮰，年产量达20万吨以上。随着养殖产业的高速发展，斑点叉尾鮰的养殖过程中出现了生长缓慢，规格不齐等种质退化的现象。最近，基因组资源在斑点叉尾鮰中得到应用。此外，一些与生长相关的SNP已在斑点叉尾鮰中发现。这些都将有利于提高斑点叉尾鮰的种质品质，培育出生长快，抗逆性强的斑点叉尾鮰新品种。

Rrp44基因编码一种II型RNA酶，在斑点叉尾鮰中，rrp44基因位于20号染色体上。Rrp44基因最早是在一个突变酵母菌株中发现的，在该菌株中姐妹染色体无法分离。RRP44的催化活性由负责核酸内切酶活性的PINc结构域和负责3’-5’外核糖核酸酶活性的RNB结构域组成。

作为一种多功能酶，RRP44几乎参与了RNA代谢的所有方面，并在细胞周期中表现出活性。它参与动粒组装检查点；形成稳定的动粒-微管结构；调节细胞周期蛋白的表达。在人类中，研究表明RRP44表达异常导致Perlman综合征，导致胎儿过度生长。另外，在一项对人类身高的研究中发现RRP44的人类同源物DIS3L2(rs61033296)是与人类身高密切相关的42个变体之一。因此，在斑点叉尾鮰中确定rrp44基因与生长性状相关的SNPs及单倍型分子标记对选育生长速度快且遗传性状稳定的斑点叉尾鮰亲本具有重要的意义。

发明内容

为了克服现有技术中存在的不足，本发明提供一种斑点叉尾鮰快速生长单倍型SNP分子标记及其检测方法和应用。

为实现上述目的，本发明基于斑点叉尾鮰rrp44基因SNP位点的分子标记，其中：包括下述SNPs标记中的一种或几种：

第一个SNPs标记位于rrp44基因编码区的第1157个碱基处，突变类型为C/T，命名为g.rrp44 1157TC，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:131所示；

第二个SNPs标记位于rrp44基因编码区的第1708个碱基处，突变类型为G/A，命名为g.rrp44 1708CT，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:132所示；

第三个SNPs标记位于rrp44基因编码区的第1998个碱基处，突变类型为G/C，命名为g.rrp44 1998AG，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:133所示；

第四个SNPs标记位于rrp44基因编码区的第2045个碱基处，突变类型为G/C，命名为g.rrp44 2045CT，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:134所示；

第五个SNPs标记位于rrp44基因编码区的第2594个碱基处，突变类型为G/A，命名为g.rrp44 2594GA，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:135所示；

第六个SNPs标记位于rrp44基因编码区的第2596个碱基处，突变类型为T/C，命名为g.rrp44 2596CG，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:136所示；