[发明专利]比对和变体测序分析管线

权利要求书

1.一种确定受试者中一个或多个基因中的变体的存在的方法，所述方法包括：

(a)从核酸测序仪获得与受试者相关的原始测序数据；

(b)从原始测序数据中去除未通过质量过滤器的低质量读段；

(c)从经过滤的原始测序数据中修剪掉衔接子和/或分子鉴别(MID)序列；

(d)将经过滤的原始测序数据映射到基因组参考序列以生成映射的读段；

(e)对映射的读段进行排序和索引；

(f)将读段组添加到数据文件以生成经处理的序列文件；

(g)创建重新比对目标；

(h)进行经处理的序列文件的局部重新比对以生成重新比对的序列文件；

(i)从重新比对的序列文件中去除重复读段；

(j)分析感兴趣的编码区；和

(k)基于步骤(j)中的分析，生成鉴定变体是否存在的报告，

其中使用限于含有所述一个或多个感兴趣基因的核酸区域的改良的基因组比对工具来进行步骤(g)和(h)。

2.权利要求1的方法，进一步包括使用核酸测序仪对来自受试者的核酸样品进行核酸测序反应以生成步骤(a)的原始测序数据。

3.权利要求1的方法，其中分析感兴趣的编码区包括判读感兴趣区域中的每个位置处的变体。

4.权利要求3的方法，其中所述感兴趣的区域被额外的150个碱基填补。

5.权利要求3的方法，其中使用改良的GATK变体判读器来进行变体判读。

6.权利要求1的方法，其中将读段映射到基因组参考序列是用BurrowsWheelerAligner(BWA)进行的。

7.权利要求1的方法，其中将读段映射到基因组参考序列不包括软剪切。

8.权利要求1的方法，其中所述基因组参考序列是GRCh37.1人类基因组参考序列。

9.权利要求1的方法，其中所述测序方法包括乳液PCR(emPCR)、滚环扩增或固相扩增。

10.权利要求1的方法，其中所述固相扩增是克隆桥扩增。