[发明专利]一种校正核酸测序产生的序列信息误差的方法

权利要求书

1.一种校正核酸测序产生的序列信息误差的方法，其特征在于，包括：

A.对待测核酸进行测序，获得对应于核酸序列的原始信号；

B.通过一组参数构造相位失配量，并利用相位失配量推算待测核酸的校正信号；

C.优化所述参数，使得校正信号尽可能接近整数；

D.输出对应于校正信号的核酸序列；

所述参数包括超前系数、滞后系数；

所述相位失配量指的是，由于超前和/或滞后导致的测序结果的变化。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述一组参数还包括单位信号、偏移量、衰减系数等。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述测序中，每次测序反应中加入的核苷酸底物分子可以是一种或两种或三种或四种。

4.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述测序，指的是3’端开放的测序过程；测序反应加入的核苷酸种类可以是一种或两种或三种。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，在所述测序中，包括两种不同的测序试剂：第一测序试剂和第二测序试剂；两种测序试剂循环加入；其中所述第一测序试剂包含具有可检测标记的至少两种不同的核苷酸单体；所述第二测序试剂包含具有可检测标记的一种或多种核苷酸单体，且所述核苷酸单体不同于所述第一测序试剂中存在的所述核苷酸单体，并且其中所述第二测序试剂是在提供了所述第一测序试剂随后提供的，将所述核苷酸单体掺入待测核酸之后检测所述可检测标记生成的信号。

6.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，设校正信号c＝(c₁,c₂,…,c_n)，所述的“使得校正信号尽可能接近整数”，指的是，使得校正信号的某个目标函数取得最值，所述某个目标函数及其最值包括但不限于：

1)使最小化；

2)使最小化；

3)使最小化

4)使max|c_i-[c_i]|最小化；

5)使最小化；

6)使最小化；

7)使最小化；

其中，[c_i]是c_i的取整，所述取整是四舍五入，或是向上取整，或是向下取整。

7.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，使校正信号的全部或一部分尽可能接近整数。

8.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，对多条核酸序列的原始信号组成的群体一起进行校正。

9.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，在使得校正信号尽可能接近整数的基础上，进一步优化参数，使得：

(A).校正信号c的前后轮之间的相关性最小，包括：

a)使(c₁,c₂,…,c_n-1)和(c₂,c₃,…,c_n)之间的相关系数最小化；或者，

b)使(c₁,c₂,…,c_n-2)和(c₃,c₄,…,c_n)之间的相关系数最小化；

所述相关系数包括但不限于皮尔逊相关系数、斯皮尔曼相关系数、余弦距离的相反数、欧氏距离的相反数、曼哈顿距离的相反数等；

(B).校正信号c的分布尽量接近参考分布，包括：

a)所述参考分布为使校正信号的分布与参考分布的Kullback-Leibler散度最小化；或者，

b)所述参考分布为使校正信号的分布与参考分布的Kullback-Leibler散度最小化。

10.根据权利要求1-9任一项所述的方法，其特征在于，并行执行多个测序反应，对每个测序反应执行步骤A-D。

11.一种基因测序系统，包括：(a)测序仪，其检测响应于在测序期间引入的多个核苷酸底物而产生的多个信号；(b)包括存储在其上的可执行代码的计算机，利用权利要求1-10任一项所述的方法获得校正的核酸序列。