[发明专利]用于鉴定控制基因转录物和产物水平的调节基因座的基于作图的基因组开采方法

摘要

本发明涉及一种在感兴趣的生物的基因组中鉴定介导一个或多个感兴趣的基因表达的一个或多个区的方法。该方法包括鉴定第一种和第二种感兴趣的生物，第一种感兴趣的生物的特征在于能对环境刺激表现出可测定的反应，或者表现出与相关于感兴趣的过程的差异基因表达相关的表型。第二种感兴趣的生物的特征在于对所述刺激缺乏或不具有像所述第一种感兴趣的生物那样强的反应，或与所述第一种感兴趣的生物相比具有不同的表型，其中这种不同的表型与所述感兴趣的过程相关，或该生物表现出一种感兴趣的表型，该表型在与所述第一种感兴趣的生物比较时分离，或其组合。使第一种和第二种感兴趣的生物杂交，以便生产一个分离的后代群体，并且从每一个分离的后代中提取RNA。对一个或多个感兴趣的基因的基因表达水平进行定量，所述感兴趣的一个或多个基因与对环境刺激或感兴趣的过程的反应相关。使用一种或多种标记制备分离后代的连锁图，确定所述连锁图上一种或多种标记和一个或多个感兴趣的基因的基因表达之间的关系，并且鉴定一个或多个数量性状基因座(QTL)。该方法还涉及在接受需要的环境刺激的分离后代中鉴定与一个或多个感兴趣的基因相关的一个或多个QTLs。此外，该方法可用于鉴定相应于转录因子或任何控制一个或多个感兴趣的基因表达的因子的一个或多个QTL，并且分离并表征位于一个或多个QTL上的一个或多个基因。

主权项

1.一种在感兴趣的生物的基因组中鉴定介导一个或多个感兴趣的基因表达的一个或多个区的方法，包括：i)鉴定第一种感兴趣的生物，其特征在于所述感兴趣的第一种生物对环境刺激表现出可测定的反应，或者表现出与相关于感兴趣的过程的差异基因表达相关的表型；ii)鉴定第二种感兴趣的生物，其特征在于所述第二种感兴趣的生物：a)对所述刺激缺乏或不具有像所述第一种感兴趣的生物那样强的反应；b)与所述第一种感兴趣的生物相比具有不同的表型，这种不同的表型与所述感兴趣的过程相关；c)表现出一种感兴趣的表型，该表型在通过与所述第一种感兴趣的生物杂交得到的群体中分离；d)或上述a)、b)、c)和d)中的两种或两种以上的组合；iii)使第一种和第二种感兴趣的生物杂交，以便产生一个分离的后代群体；iv)从每一个所述分离的后代中提取RNA，并且对一个或多个感兴趣的基因的基因表达水平进行定量，所述感兴趣的一个或多个基因与对环境刺激或所述感兴趣的过程的反应相关；v)使用一种或多种标记制备所述分离后代的连锁图；vi)确定所述连锁图上所述一种或多种标记和所述一个或多个感兴趣的基因的基因表达之间的关系，并且鉴定一个或多个数量性状基因座(QTL)。