[发明专利]用于确定作为抗菌药物的D－Ala－D－Ala连接酶抑制剂的基于结构的药物设计方法无效
| 申请号： | 02815270.0 | 申请日： | 2002-06-28 |
| 公开（公告）号： | CN1539020A | 公开（公告）日： | 2004-10-20 |
| 发明（设计）人： | M·A·纳维亚;P·J·阿拉;J·P·格利菲斯;J·A·阿里;C·H·法尔曼;S·T·莫;A·S·马吉;P·R·康纳利;E·佩罗拉 | 申请（专利权）人： | 医贤治疗学公司;普利瓦股份公司 |
| 主分类号： | C12Q1/37 | 分类号： | C12Q1/37 |
| 代理公司： | 中国国际贸易促进委员会专利商标事务所 | 代理人： | 唐伟杰 |
| 地址： | 美国马*** | 国省代码： | 美国;US |
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| 摘要： | 本发明是基于下述发现：一些小分子可结合D－Ala－D－Ala连接酶的ATP结合位点，甚至在没有酶底物存在的情况下也是如此，并且可引起类似于在ATP和底物与酶结合时所发生的酶结构的构象改变。虽然不希望受敷于理论，但据信，这样的构象改变是激活或抑制酶所必需的。从该发现所获得的信息已使得能够鉴定酶活性位点中的关键相互作用，以及设计和优化抑制剂。 | ||
| 搜索关键词： | 用于 确定 作为 抗菌 药物 ala 连接酶 抑制剂 基于 结构 设计 方法 | ||
【主权项】：
1.评价化学实体缔合下列物质的可能性的方法：包含结合口袋的分子或分子复合物，所述结合口袋依据附图8由D-Ala-D-Ala连接酶大肠杆菌氨基酸Lys144，Glu180，Lys181，Leu183，Glu187，Asp257和Glu270的结构坐标所限定；或所述分子或分子复合物的同源物，其中所述同源物包含结合口袋，所述结合口袋具有与所述氨基酸主链原子不超过10_的均方根偏差，所述方法包括下列步骤：采用计算方法在化学实体与结合口袋之间进行拟合操作，其中所述结合口袋由D-Ala-D-Ala连接酶大肠杆菌氨酸Lys144，Glu180，Lys181，Leu183，Glu187，Asp257和Glu270的结构坐标+/-不超过10_的与所述氨基酸主链原子的均方根偏差所限定；和分析所述拟合操作的结果以定量化学实体与结合口袋之间的缔合。
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