[发明专利]功能性DNA元件和细胞蛋白的基因组作图

摘要

本发明提供了检查蛋白质与基因组(例如完整的基因组或其部分，例如一条或多条染色体或染色体区域)中的DNA结合的方法。具体地，本发明涉及鉴定基因组DNA中结合目的蛋白的调控区域(例如蛋白或增强子区域)的方法。在一方面，本发明涉及组织相关的调控。在另一方面，本发明涉及发育相关的调控。在另一方面，本发明涉及在特定疾病状态或障碍中的表达调控。

主权项

1.一种在生物体基因组中检测多核苷酸-多肽相互作用结构域的方法，包括：a)免疫沉淀与多肽结合的多核苷酸，以获得富集的多核苷酸制备物；b)使富集的制备物中的多核苷酸和多肽解离；c)使所述多核苷酸和引物对在所述引物对和所述多核苷酸杂交形成第一杂交复合物的条件下接触，其中每一引物包含至少两个部分，第一部分包含能与所述富集的制备物中的靶多核苷酸杂交的靶特异性寡核苷酸，第二部分包含通用引物附着位点，这两个引物特异于所述靶多核苷酸的上游和下游片段，其中所述通用引物附着位点是不同的；d)使所述第一杂交复合物与连接酶在允许与所述多核苷酸杂交的引物进行连接而形成连接的探针的条件下接触；e)用通用引物扩增所述连接的探针以生成扩增并标记的产物；f)使所述扩增并标记的产物与寡核苷酸阵列在允许所述连接的探针与所述阵列上的互补寡核苷酸杂交而形成检测复合物的条件下接触；和g)检测所述检测复合物，其中复合物的存在表示与免疫沉淀的多肽结合的DNA的存在。