[发明专利]核苷酸序列的虚拟代表

摘要

本发明提供了可以用来与核酸序列代表杂交的寡核苷酸探针。还提供了含有诸如微阵列这类探针的组合物。本发明还提供了在治疗、诊断和研究应用中使用这些探针的方法。提供了可以快速和准确地计数特定字符串(即核苷酸)出现在核苷酸序列(例如基因组)中的次数的字计数算法的系统和使用方法。这种算法可以用于鉴定本发明的寡核苷酸探针。该算法使用了基因组变换和辅助数据结构以计数特定字出现在基因组中的次数。

主权项

1.多个核酸分子，其中：(a)所述的多个由N个核酸分子组成；(b)所述的多个核酸分子各自具有与Z个碱基对的基因组中的序列特异性杂交的核苷酸序列；和(c)所述多个核酸分子中至少P％具有：(i)K个核苷酸长度；(ii)与存在于或预计存在于来源于所述基因组的代表中的至少一种核酸分子特异性杂交，所述代表具有不超过R％的所述基因组的复杂性；和(iii)不大于X的与所述基因组的L1核苷酸的完全匹配和不小于Y的与所述基因组的L1核苷酸的完全匹配；且其中：(A)N≥500；(B)Z≥1×108；(C)300≥K≥30；(D)70≥R≥0.001；(E)P＝(N×R+(3×σ))/N；(F)σ为(N×R×(1-R))的平方根；(G)与(log4(Z)+2)最接近的整数≥L1≥与log4(Z)最接近的整数；(H)X为与D1×(K-L1+1)最接近的整数；(I)Y为与D2×(K-L1+1)最接近的整数；(J)1.5≥D1≥1；和(K)1≥D2≥0.5。