[发明专利]一种寻找调控一组相关基因的转录因子的计算方法无效
申请号: | 200510075327.6 | 申请日: | 2005-06-16 |
公开(公告)号: | CN1881225A | 公开(公告)日: | 2006-12-20 |
发明(设计)人: | 庄海滨;张凌慧;刘湘军;刘德培;梁植权 | 申请(专利权)人: | 清华大学;中国医学科学院基础医学研究所 |
主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 100084北京*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | 本发明属于计算生物学领域,具体涉及一种寻找调控一组相关基因的转录因子的计算方法。通过计算转录因子在一组相关基因中结合位点的实际个数与期望个数的比值,来判定转录因子与这组基因的关系。如果比值高于预先计算的共调控显著性阈值,则认为转录因子与这组基因有关。共调控显著性阈值则是位点权重矩阵算法的特异性、共调控比和总体调控率确定的。该方法大大提高了预测调控相关基因的转录因子的准确性,从生物学特征出发界定相关基因的关系和共调控的比例,涉及参数少且计算方法简单,便于生物学家应用。 | ||
搜索关键词: | 一种 寻找 调控 一组 相关 基因 转录 因子 计算方法 | ||
【主权项】:
1.一种寻找调控一组相关基因的转录因子的计算方法,其特征是根据一组相关基因来确定与调控这组基因的转录因子。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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