[发明专利]鉴定氨基酸复杂模式的系统与方法

摘要

公开了一种鉴定和/或定位氨基酸序列中复杂模式的方法与系统，所述氨基酸序列储存于计算机文件或数据库中。根据本发明的一个方面，提供有利于蛋白质数据库查询的技术。对于应查询要求接受的蛋白质描述，本发明的实施方案可以扫描接受的蛋白质描述以鉴定且定位Replikin模式。Replikin模式被定义为7－约50个氨基酸的序列，所述序列包括下列3个特征，其中每一个特征均可被本发明的一个实施方案识别：(1)该序列有至少一个赖氨酸残基，其定位于距离第二个赖氨酸残基6－10个氨基酸残基处；(2)该序列有至少一个组氨酸残基；并且(3)该序列中至少6％的氨基酸为赖氨酸残基。

主权项

1.一种识别Replikin模式的方法，其包括：测定在一个氨基酸残基子序列中第一个赖氨酸残基是否存在于距离第二个赖氨酸残基6-10个位置内；如果是，鉴定该氨基酸残基子序列中一个7-50个连续的氨基酸残基串，所述串包含第一个赖氨酸残基、第二个赖氨酸残基以及一个组氨酸残基；计算该串中赖氨酸残基的百分比；并且如果赖氨酸残基的百分比为至少6％，则识别该串为Replikin模式。