[发明专利]核酸测序的方法和手段

摘要

本发明涉及核酸测序，特别涉及高密度指纹法(high－density fingerprinting)，其中将一组核酸探针与含有希望获得序列信息的模板的核酸退火，确定模板内是否存在与每个探针互补的序列，由此提供序列信息。使用与模板至少部分相关的参考序列。

主权项

1.一种核酸测序方法，包括：提供含有多个环状单链DNA模板分子的DNA样品，每个模板分子均包含一个引物退火序列和一个靶序列；形成一个固定化的和扩增的模板分子的随机阵列，所述阵列如下形成：将所述模板分子与扩增引物接触以与所述引物退火序列退火，从而形成退火的引物/模板复合物，通过滚环扩增方法扩增所述模板分子，通过在与模板退火之前固定扩增引物、在扩增之前固定引物/模板复合物或者在扩增之后固定扩增的模板，确保所述扩增的模板分子固定在一固体支持物上；用一组探针在测试条件下探查串联重复的扩增产物，确定每个探针在测试条件下是否与靶序列杂交，从而获得靶的杂交谱；将所述杂交谱与包含多个参考序列的参考数据库中的参考序列的杂交谱相对比，其中所述参考数据库预期含有一或多个针对所述DNA模板序列的参考序列，从而确定在一或多个参考序列中所述靶序列的可能的一或多个位置；任选地通过对比实际杂交谱与在所述一或多个位置的预期的杂交谱，计算所述靶序列的可能序列和/或与一或多个参考序列对比在所述靶序列的序列中存在的差异。