[发明专利]交叉反应抗原计算机辅助筛选的方法无效
| 申请号： | 200610029136.0 | 申请日： | 2006-07-20 |
| 公开（公告）号： | CN1889086A | 公开（公告）日： | 2007-01-03 |
| 发明（设计）人： | 陈军;杨杰;刘蕙 | 申请（专利权）人： | 上海交通大学 |
| 主分类号： | G06F19/00 | 分类号： | G06F19/00 |
| 代理公司： | 上海交达专利事务所 | 代理人： | 王锡麟;王桂忠 |
| 地址： | 200240*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种计算机应用技术领域的交叉反应抗原计算机辅助筛选的方法。本发明建立病原微生物和人特异组织细胞的蛋白质数据集，然后通过局部序列比对算法，得到给定长度的相似子序列对；建立B细胞线性表位和非线性表位的数据集，特征提取，用于支持向量机(SVM)的学习训练，将训练好的SVM预测相似子序列的B细胞线性表位的可能性，根据B细胞线性表位的可能性大小筛选出可能性较大的相似子序列。本发明是传统免疫学实验方法筛选交叉抗原的重要补充，通过向实验免疫学家提供候选交叉反应抗原，大大减少了他们的实验工作量，为传统免疫学实验方法失败时提供了又一解决思路。 | ||
| 搜索关键词： | 交叉 反应 抗原 计算机辅助 筛选 方法 | ||
【主权项】：
1、一种交叉反应抗原计算机辅助筛选的方法，其特征在于，建立病原微生物和人特异组织细胞的蛋白质数据集，然后通过局部序列比对算法，得到给定长度的相似子序列对，建立B细胞线性表位和非线性表位的数据集，特征提取，用于支持向量机SVM的学习训练，将训练好的SVM检测相似子序列的B细胞线性表位的可能性，根据B细胞线性表位的可能性大小筛选出可能性较大的相似子序列。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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