[发明专利]全基因组目标基因家族成员的自动化快速检测系统

摘要

本发明公开了一种全基因组目标基因家庭成员的自动化快速检测系统，该系统包括：(1)数据下载模块a，下载和收集全基因组序列；(2)去冗余序列模块b，将得到的数据过滤掉冗余序列；(3)序列格式化模块c，将去掉冗余序列的数据库格式化成搜索所需的格式；(4)序列结构域检测和计算及保存模块d，将格式化后的序列自动提交给服务器进行计算，并保存为一新的文件；(5)包含特定结构域的目标序列快速搜索模块e，设定好目标序列，进行全自动搜索，自动将得到的结果保存；(6)数据库更新模块f，与老数据库做比较，去掉冗余序列后得到一全新的数据库。本发明检测速度快，检测准确率高，操作简便，在蛋白多结构域检测更加方便准确。

主权项

1、一种全基因组目标基因家族成员的自动化快速检测系统，该系统包含如下模块：(1)数据下载模块a，下载和收集Fasta格式的全基因组序列；(2)去冗余序列模块b，将得到的数据过滤掉冗余序列，即序列完全相同，序列相同名字不同的冗余序列被合并为一条序列，其命名包含上述冗余序列的名字；(3)序列格式化模块c，将去掉冗余序列的数据库格式化成下一步搜索所需的格式；(4)序列结构域检测和计算及保存模块d，将格式化后的序列逐个自动提交给网络上的HMM服务器进行计算，并将序列信息和对应的结构域信息保存为一新的文件；(5)包含特定结构域的目标序列快速搜索模块e，设定好目标序列应该含有的结构域名称，至少含有一个结构域，以及不同类序列的家族名称，该模块e调用模块d的检测结果文件，进行全自动搜索，自动将得到的结果按先前设定好的家族名称分别保存；(6)数据库更新模块f，利用模块a下载新数据库后，将新的数据库与老数据库做比较，去除老数据库已有的信息，并完成和模块b类似的功能，去掉冗余序列后得到一全新的数据库。