[发明专利]利用双S形函数曲线拟合和LEVENBERG-MARQUARDT算法及标准化的PCR肘确定有效
申请号: | 200610169377.5 | 申请日: | 2006-12-19 |
公开(公告)号: | CN1987880A | 公开(公告)日: | 2007-06-27 |
发明(设计)人: | L·弗兰西奥利;R·克诺贝尔;R·T·库尔尼克 | 申请(专利权)人: | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 |
主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00;G06F17/10;C12Q1/68;C12N15/09 |
代理公司: | 中国专利代理(香港)有限公司 | 代理人: | 卢江;梁永 |
地址: | 瑞士*** | 国省代码: | 瑞士;CH |
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摘要: | 本发明涉及用于确定S形或生长型曲线中的例如肘值的特征过渡值、例如PCR扩增曲线中的周期阈值(Ct)的系统和方法。具有通过Levenberg-Marquardt(LM)回归方法所确定的参数的双S形函数被用于找到拟合PCR数据集的曲线的近似。一旦已经确定了参数,就可以利用一个或多个所确定的参数来使曲线标准化。如果选择用于计算扩增曲线的周期阈值的任意荧光水平(AFI)方法,则标准化对于确定周期阈值来说是有利的。在标准化之后,通过应用求根算法以确定表示标准化曲线的函数的根来处理该标准化曲线,所述根对应于周期阈值。该周期阈值然后被返回并可以被显示或另外被用于进一步的处理。 | ||
搜索关键词: | 利用 函数 曲线拟合 levenberg marquardt 算法 标准化 pcr 确定 | ||
【主权项】:
1.一种计算机实现的、确定生长曲线的基线区域的末端处的点的方法,该方法包括以下步骤:-接收表示生长曲线的数据集,所述数据集包括多个数据点,每一个数据点都具有一对坐标值;-通过将Levenberg-Marquardt(LM)回归方法应用于双S形函数以确定该函数的参数来计算拟合所述数据集的曲线的近似;-利用所确定的参数使该曲线标准化,以生成标准化曲线;以及-处理该标准化曲线,以确定生长曲线的基线区域的末端处的点的坐标值。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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