[发明专利]染色体构象芯片捕获(4C)测定

摘要

本发明的一个方面涉及分析靶核苷酸序列与一个或多个目的核苷酸序列(如一个或多个基因组基因座)相互作用的频率的方法，其包括如下步骤：(a)提供交联的DNA样品；(b)用第一限制性内切酶消化交联的DNA；(c)连接交联的核苷酸序列；(d)解除交联；(e)用第二限制性内切酶消化核苷酸序列；(f)将已知核苷酸组成的一个或多个DNA序列与在一个或多个目的核苷酸序列侧翼的可用的第二限制性内切酶消化位点连接；(g)利用至少两个寡核苷酸引物扩增一个或多个目的核苷酸序列，其中每个引物与在目的核苷酸序列侧翼的DNA序列杂交；(h)将扩增的一个或多个序列与阵列杂交；和(i)确定DNA序列间相互作用的频率。

主权项

通过分析靶核苷酸序列与一个或多个目的核苷酸序列相互作用的频率的方法可得到的环化的核苷酸序列，所述方法包括以下步骤：(a)提供交联DNA的样品；(b)用第一限制性内切酶消化交联的DNA；(c)连接交联的核苷酸序列；(d)解除交联；(e)用第二限制性内切酶消化核苷酸序列；(f)将核苷酸组成已知的一个或多个DNA序列与在一个或多个目的核苷酸序列侧翼的可用的一个或多个第二限制性内切酶消化位点连接；其中步骤(f)中的连接反应导致DNA环的形成，其中所述环化的核苷酸序列包含第一和第二核苷酸序列，其中第一和第二核苷酸序列的每个末端由不同的限制性内切酶识别位点分隔，而且其中所述第一核苷酸序列是靶核苷酸序列并且所述第二核苷酸序列是由交联基因组DNA而获得的。