[发明专利]测定多等位基因单倍型的方法

摘要

扩增含两种等位基因的区域时，所述等位基因之一的多态型位于或接近扩增引物的3’末端，从而所述链仅可从两个引物之一延伸，一个匹配突变型核苷酸，一个匹配于野生型核苷酸。其他引物不受等位基因的影响，但定位于在扩增子中包括其他等位基因。PCR仅扩增具有一种第一等位基因的特异等位基因的靶基因组DNA。所述技术探索出，如果可鉴定扩增子中的第二等位基因的等位基因，则可测定第一和第二等位基因的单倍型。设计具有互补于用于鉴定第二等位基因的两种等位基因(主要和次要)的序列的探针，并将所述探针组固定于固体支持物上，并将其与扩增子杂交，以鉴定形成杂交体的探针是本发明的特征。

主权项

1. 测定在3’侧具有第一杂合多态性位点、且在5’侧具有第二杂合多态性位点的靶核酸的单倍型的方法，其特征在于包括：(i)用下列正向引物(a-1)之一和正向引物对靶核酸进行PCR：(a-1-1)正向引物，其含互补于所述第一多态性位点的碱基序列，且当所述第一多态型是突变型时可延伸所述靶核酸，而当所述第一多态型是野生型时不延伸所述靶核酸，和(a-1-2)正向引物，其含互补于所述第一多态性位点的碱基序列，且当所述第一多态型是野生型时可延伸所述靶核酸，而当所述第一多态型是突变型时不延伸所述靶核酸，和(b-1)反向引物，其含互补于不含所述第二多态型的特定碱基序列的碱基序列，且位于在所述靶核酸的互补链上的所述第二多态型的3’侧；及(ii)将通过(i)得到的产物与碱基序列等于含所述第二多态型的野生型核苷酸的所述靶核酸的碱基序列的特定片段的第一探针杂交，且与碱基序列等于含所述第二多态型的突变型核苷酸的所述靶核酸的碱基序列的特定片段第二探针杂交，及检测与所述第一和第二探针形成杂交体的信号。