[发明专利]对拉伸分子动力学模拟中拉伸方向优化的方法及装置

摘要

本发明提供一种通过对拉伸分子动力学中拉伸方向进行优化的方法，对我们分析配体与受体间的相互作用、配体诱导蛋白质的构象变化、配体和受体的选择性结合与最优结合路径的判定，都提供了支持。首先，初始选取的拉伸方向做判断，只有当拉力达到一定的阈值时，开始对方向进行优化；然后，根据基于信息熵的多种群遗传算法，对拉伸方向在三维空间内进行搜索和优化，得到新的优化后的拉伸方向；最后，循环前面两个步骤，直至拉伸模拟结束。通过对拉伸方向的优化，在拉伸分子动力学模拟过程中搜索合理的拉伸方向，改善传统拉伸分子动力学模拟过程中拉伸方向单一不变的模式，寻找更加合适的路径和方式。

主权项

1. 一种对拉伸分子动力学模拟中拉伸方向优化的方法，主要包括以下步骤：(a)对模拟体系建立数学优化模型的步骤；(b)运用非数值的优化算法对上述优化模型进行优化，得到新的拉伸方向rt的步骤；(c)用所得优化后的rt做为拉伸分子动力学模拟中的拉伸方向，继续动力学模拟，直至需要开始新的方向调整，重新进行方向优化，得到最优方向rt′，如此循环，直至拉伸模拟结束的步骤。