[发明专利]利用水稻DNA插入或缺失分子标记鉴定籼稻和粳稻的方法

摘要

本发明属于生物鉴别技术领域，具体为一种利用水稻NDA插入或缺失分子标记鉴定籼稻和粳稻的方法。本发明利用籼稻品种(93－11)和粳稻品种(日本晴)全基因组DNA序列的比对而获得InDel差异片段所设计的34对特异DNA引物。对目标水稻品种进行DNA提取、DNA片段扩增和电泳分离以及电泳图谱的分析和统计来鉴定籼稻和粳稻品种。具体而言，利用34对InDel引物组合，基于聚合酶链式反应和凝胶垂直板电泳获得的指纹图谱进行分析和统计，根据34个InDel位点上的籼稻型等位基因和粳稻型等位基因出现的平均频率(F_i或F_j)，计算出被测水稻样品的籼稻或粳稻特性。本发明需用检测样品量少，方法简便快捷，鉴定结果准确，具有良好的推广应用前景。

主权项

1、一种用于鉴定籼稻和粳稻的插入或缺失特异引物对，其特征在于长度为17-24bp的寡聚核苷酸及其衍生物序列，共34对，列表如下： 编号 引物对名称 正向引物DNA序列 (5’-3’) 反向引物DNA序列 (5’-3’) 1 R1M7 ATTCCTGGTTCTACATTACTTA CGCCTCACTAGAATATCGGA 2 R1M30 AAGGGGCCCTAATTTATCTA TGTTTACTTTGTTCTTGGACTG 3 R1M37 ATAGTTCGCCATCGTCAT ACACGCCATAGCAAGGAA 4 R1M47 AATAGAATTACTGATGAAACCTTA GCCCGTTACCGCTTATGT 5 R2M10 CCCAGTCTGCTGCCATCT GAATGTATTTCAGTTCCAGTAAG 6 R2M24 GGGCAACAACGGCTCTG AGGGAATAAGGCGATACGG 7 R2M26 GCAGCAAAGTGCGGAGTA CAGGTGAATTGCCAATTT 8 R2M50 CCTGAAGGAAATGATAGCAATAG GTTTTGTATGCTCTTCACTTGTC 9 R3M10 CCGAGTACCATTGCTTTC CTGCCATAGTTACTGCTCTGTT 10 R3M23 TGCTTACAAGGGTCCAAT GGAGGTGCCTACCAAGAG 11 R3M30 AGGCTAAGTGAAGAAATAATAAG CTCCGTATTCATTACTGGTTG 12 R3M53 ACACTGGCTACGGCAAAG TTTGTTCGGGAATAATGATGC 13 R4M13 TACACGGTAGACATCCAACA ATGATTTAACCGTAGATTGG 14 R4M17 AGTGCTCGGTTTTGTTTTC GTCAGATATAATTGATGGATGTA 15 R4M43 CTTGAACCTGAGTGAGTGG CGATGAAAATGATGTCTA 16 R5M13 GAGAAAGAGTGGAAGGAG AGTATCGTCAGGAGGGTC 17 R5M30 CTCAATTTCACCCATCCC CGCTCCGTCTCCAACCTC 18 R6M14 AAATGTCCATGTGTTTGCTTC CATGTGTGGAATGTGGTTG 19 R6M44 TTAGGAATAAAGGCTGGATA TTACCGTTAATAGGTGGAA 20 R7M7 ACCTTCCCTCCCCTTTTGAT AACTTGGTCTTCCTGTTTTATTG 21 R7M37 CAGCCCTAAATCTAAATACCC ACGTTGAGACAGGCGAGC 22 R8M23 CCTATTCACTCTACCGACAT GTTTAGTTCCCATTGCTTT 23 R8M33 CGAAAGAGGAGAGGGGTAGT CGAAAACGAGAAACAAATA 24 R8M46 CAGCAGAGTCCAGAGAAGAT GCATAAGATGGCGAGTGA 25 R9M10 CTTTGGATTCAGGGGGA AACTTGAAACGGAGGCAG 26 R9M42 CTATAAGACCAAAACGAAAACT GAAAACCATTGTGTCACTGTA 27 R10M17 TGAACAATAAACCACAGAAGCA CCCTTTATTCCCTCCTTTG 28 R10M30 CCCTAAAAATAGAGCAACCT ACCCATAATACTACCAATCAAC 29 R10M40 GTCCCTAGGCCATCTCTTG GCGAATAGGGGTGGACAG 30 R11M23 AAGGTTGACAAGGACAGAAG TCGCAGGAATGGATAAAA 31 R11M40 AAGAAAAATATCTATTGAGGAGTG GGAGGACCATAAATGACGG 32 R12M10 ATCATTTCAGCCTGTGCC AGCTTAATAGGGGGGACG 33 R12M27 ATTTCATTGCCATCAGTT GTAATCTTCTATCCGTTCA 34 R12M43 CCGCCGAGAAGAAACAAA CCCAAGAACAGGATTACA。