[发明专利]一种联合限制性酶切法和质谱法以检测SNP的方法有效
申请号: | 200810085029.9 | 申请日: | 2008-03-14 |
公开(公告)号: | CN101251510A | 公开(公告)日: | 2008-08-27 |
发明(设计)人: | 赵洪斌;马庆伟;于中连;吕芳;吕萍萍 | 申请(专利权)人: | 毅新兴业(北京)科技有限公司 |
主分类号: | G01N27/64 | 分类号: | G01N27/64;C12Q1/68 |
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摘要: | 本发明提供一种联合特殊限制性内切酶和质谱法方法来检测单核苷酸多态性的新方法。本发明要点在于参与PCR反应的引物含特殊限制性内切酶的不同位置的识别位点和酶切位点,通过对PCR产物进行限制性内切酶消化,产生含SNP位点的单链核苷酸片段,并通过纯化、点靶等步骤,制备可直接用于基质辅助激光解析电离飞行时间质谱检测的样本。与现有方法相比,本发明具有存在耗时短长、成本低、分辨率高、操作简便的优点。 | ||
搜索关键词: | 一种 联合 限制性 酶切法 质谱法 检测 snp 方法 | ||
【主权项】:
1.一种联合限制性酶切法和质谱法以检测单核苷酸多态性的方法,包括以下步骤:(1)确定SNP位置:针对待检核酸序列可能存在的SNP,确定SNP在待检序列中的位置;(2)设计正向引物:根据SNP的位置,设计正向引物,其中正向引物3’端位于SNP位点5’端上游1-47bp处,正向引物5’端含有一种特殊限制性内切酶的识别位点,而在待检核酸序列中,所述的特殊限制性内切酶的酶切位点位于识别位点3’端下游1-25bp处,并位于SNP的5’端上游1-25bp的范围内,其中,所述的位置范围取决于具体的限制性内切酶;(3)设计反向引物:根据SNP的位置,设计反向引物,其中反向引物位于另一条核酸互补链上的SNP位点5’端上游1-47bp处,反向引物5’端含有同一种特殊限制性内切酶的识别位点,而在待检核酸序列中,所述的特殊限制性内切酶的酶切位点位于识别位点3’端下游1-25bp处,并位于SNP的5’上游端1-25bp的范围内,其中,所述的位置范围取决于具体的限制性内切酶;(4)PCR扩增:通过PCR扩增,获得包含两个特殊限制性内切酶的识别位点、两个酶切位点、SNP位点的双链扩增产物,其中SNP位点位于正向引物限制性内切酶酶切位点和反向引物限制性内切酶酶切位点之间;(5)限制性内切反应:使用所述的特殊限制性内切酶分别进行限制性内切反应,获得两条包含SNP位点的单链短片段;(6)质谱检测:将包含SNP的单链短片段进行质谱检测,通过与野生型单链短片段的分子量进行比较,确定SNP的基因型。
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