[发明专利]合成基因设计的计算方法

摘要

本发明是针对用于设计对感兴趣的多肽进行编码的合成的核苷酸序列的方法。这些方法涉及将序列的数据库组织为N-长度的寡聚体序列的集合并且汇编了针对每个N-长度序列的概率得分的列表。使用这些概率得分将一个或多个更高得分的序列替换进入该亲本核苷酸序列之中以生成优化的序列。通过去除无意的可读框或不令人希望的短DNA元件之一或两者、和/或取代寡聚体序列以达到特定的G：C含量可以进一步优化所感兴趣的核苷酸序列。这些方法可以在任何生物中、特别是植物中用于优化异源基因的表达。该方法生成了合成序列，其组成类似于目标数据库的组成。例如，这些合成的序列可以用于在生物中、特别是在植物或植物细胞中调节杀虫活性或除草剂耐受性。

主权项

一种优化核苷酸序列的方法，包括a)提供一个感兴趣的核苷酸序列；b)提供多个核苷酸序列的目标数据库；c)汇编给定长度N的所有可能的N-长度核苷酸序列(NLS)的列表，其中N小于在该数据库中最短的核苷酸序列的长度，并且其中对于每个NLS而言N是常数；d)对于在步骤(b)中提供的数据库，为在步骤(c)中所鉴定的每个NLS计算概率得分以生成NLS统计表；e)将该感兴趣的核苷酸序列的每个N长度的区域(NLR)鉴定为相应的一个NLS集合，该NLS集合不改变该感兴趣的核苷酸序列编码的氨基酸序列，其中不改变由该感兴趣的核苷酸序列编码的氨基酸序列的NLS被认为是沉默的NLS(SNLS)；并且，f)用SNLS来取代在该感兴趣的核苷酸序列中的一个或多个NLR以生成优化的序列。